(一)办理事务的范围不同。在我国行纪业务主要包括办理购销货物、寄售商品和有价证券的买卖等业务，行纪行为属于动产和有价证券买卖等商事行为。居间的业务范围较广，除禁止交易的事项以及国家管理的未允许放开市场经营的重要生产资料和部分生活资料以外，均可以进行居间服务。关于婚姻中介，婚姻关系不能简单地理解为一种合同关系，因而婚姻介绍不属于居间的业务范围，应由相应的进行调整。
(二)合同的标的不同。所谓标的即合同的权利，义务所指向的对象。行纪合同中行纪人为委托人提供的服务不是一般的劳务，而是行纪人与第三人发生法律关系，为一定的法律行为，该法律行为的实施是委托人与行纪人订立行纪合同的目的所在，故行纪合同的标的是行纪人为委托人进行一定的法律行为。居间合同的标的是居间人为委托人进行一定的事实行为，居间人为委托人提供特定的劳务即报告订约机会或提供订立合同的媒介服务，居间人所办理的事务本身并不具有法律意义，而行纪合同中行纪人受托的事务是法律行为，这正是行纪合同与居间合同本质上的区别。
(三)与第三人的关系不同。行纪人与第三人的合同关系相对于行纪合同本身来说是外部法律关系，根据合同的相对性规则，行纪人与第三人的合同关系只能发生在特定的合同当事人之间，即发生在行纪人和第三人之间。居间合同中，无论是指示居间还是媒介居间，居间人并不参与委托人与第三人的合同关系，其在交易中仅是一个中介人，既不为交易的当事人一方或其代理人，也不直接参与交易双方的谈判，在决定交易双方的权利义务内容上并不体现居间人的意见，合同的权利义务在委托人与第三人之间设定、产生。
(四)“介入”不同。行纪人在一定条件下有介入权，居间人在特定情形下承担介入义务。行纪人接受委托买卖有市场定价的商品时，除委托人有反对的意思表示外，行纪人自己可以作为出卖人或买受人的权利。行纪人的介入权是法律规定的结果，是一种形成权，使委托人和行纪人之间产生了。在媒介居间中如果委托人一方或双方指定居间人不得将其姓名、商号、名称告知对方，居间人根据诚实信用原则有保密义务，由此居间人产生为委托人隐名的义务，这种居间称为隐名居间。在隐名居间这种情形下，对于委托人依据与相对人的合同应承担的义务，在一定条件下由居间人以履行辅助人的身份负履行义务，并领受对方当事人所为的给付。因此，只有在保护隐名委托人利益的前提下才有居间人的介入义务，而不存在居间人基于特定情形主张介入的权利。
居间合同和行纪合同的区别主要在于介入权是不一样的以及与第3人的关系也是不同的，另外对于合同的标的也就是合同的权利和义务对象也是不一样的，还有关于两者的办理事务的范围也是不同的。因此两者需要严格区分。
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