合作合同纠纷一般表现为合伙协议纠纷，合伙协议是依法由全体合伙人协商一致，以书面形式订立的合伙企业的契约。若因合作合同引起的纠纷，首先应当审查该合同是否有效。若有效则进一步注意合伙人的出资是否符合法律规定以及关于合伙期限、入伙、退伙的约定等。
需要注意的是，《合伙企业法》第32条规定，合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担。合伙协议未约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
合伙合同纠纷可以通过协商、调解、仲裁的方法解决。仲裁的具体方式又包括社会团体仲裁。社会团体仲裁指的是当事人双方的约定，对于现在或者是将来会发生的一定的合同纠纷，由社会团体以内所设立的仲裁机构予以仲裁，该种仲裁的裁决，具有相同的法律效力。
合伙合同纠纷造成一方当事人损失的，一般是按合同的约定赔偿损失，如果合同没有约定的，按实际造成的损失赔偿。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
此外，还须债务人无免责事由。如果债务人履行不符合债务本旨，是由于不可抗力所致，则债务人并不负不完全履行的责任。此外，如果当事人对不完全履行存有有效的约定的免责条款，也可以不负不完全履行的责任。
合伙合同纠纷就是合伙协议纠纷，合伙合同纠纷造成一方当事人存在财产损失的，应该按照合同中约定的条款，赔偿损失，如果合同中没有约定，可以按照实际损失赔偿给对方。当事人一方不履行合同义务，造成对方损失的，不仅要承担赔偿责任，还需要承担违约责任。
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