这两者并没有本质上的区别，合伙协议纠纷属于合同纠纷。合同当事人是平等主体的公民、法人或者其他组织，合同行为是民事法律行为。因此合同纠纷本质上是一种民事纠纷。民事纠纷应当通过协商、调解、仲裁、诉讼等民事手段解决。民事诉讼方式不同于行政诉讼方式和刑事诉讼方式。行政方式通过行政手段直接介入合同纠纷，不符合法律的平等理念。刑事途径是国家以刑事手段解决合同纠纷。一旦合同需要通过刑事手段解决，就不能称之为合同纠纷，而是刑事案件。
合伙协议是合伙人为共同出资、共同经营而达成的书面协议。合伙协议是合同的一种，出现合伙协议纠纷的，属于合同纠纷，当事人可以协商处理，如果协商不成的，可以向法院起诉。
二、什么方法能解决合同纠纷?
合同纠纷解决方式如下：
1、和解。指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。
2、调解。指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。
3、仲裁。
4、诉讼。指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。
1、案件的判决结果要看法律规定以及双方的证据。现在，尚未开庭，判决结果未出，不能判定法官的行为是否偏袒，现在主要是对诉讼程序不了解，才会产生各种误会。
2、法官主动调取证据是法律法规允许的，有法律法规规定的情形的，法院可以主动调取证据或应一方申请调取证据，并不属于偏袒一方。您如果有法律法规规定的情形，也可以申请法官主动调取证据。
3、立案八个月未开庭确实是不正常的，可以向有关机关反映。但如果被告充分利用了法律规定的程序，拖延开庭的时间，立案八个月未开庭是可能存在的。如果是被告利用法律规定的程序，与法官无关。律师就经常利用法律规定的程序，拖延审判的期限，以取得对自己最有利的结果。
4、被告就同一案件起诉原告，是正常的，可能属于反诉，也可能是另行起诉。
合伙协议纠纷和合伙合同纠纷没有区别，合同纠纷的处理方式有四个，分别是和解，调解，仲裁，诉讼。合同发生纠纷时，可以通过和解的方式解决，在尊重双方利益的基础上，对于争议的事情造成一致意见，也可以在第三人的主持下，调解矛盾。
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