合同无效的工程保证金诉讼时效是3年，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
1、1年诉讼时效。身体收到伤害要求赔偿的、出售质量不合格的商品未声明的、延付或拒付租金的、寄存财物被丢失或毁损的。(民法通则136条)
2、3年诉讼时效。因环境污染损害赔偿提起诉讼的。(环境保护法42条)
3、4年诉讼时效。因国际货物买卖合同和技术进出口合同提出诉讼或仲裁的。(合同法129条)
4、最长诉讼时效。从权利受侵害之日起20年。(民法通则137条)
二、合同无效的情形
《中华人民共和国合同法》第五十二条规定，有下列情形之一的，合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(三)以合法形式掩盖非法目的;
(四)损害社会公共利益;
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。
三、民事诉讼的流程
1、递交诉讼状
2、法院经审查受理后将起诉书副本送达被告;
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理;
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告;
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录;
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见;
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
其实正常情况下如果合同是无效的话，都没有必要去交工程保证金，这份合同当中所拟定的每一条条款都不具有任何的法律效力。不过，合同的法律效力也得通过人民法院来确定，一般可以请求人民法院确定合同无效的同时索要回工程保证金。
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