保证合同是主合同的从合同，以主合同的存在为前提，随主合同的消灭而消灭。但保证合同仍具有一定性，保证合同可以约定保证债务仅担保主合同债务的一部分，可以有自己的变更或消灭原因，当事人还可以单就保证法律关系形成诉讼，故《规定》将之作为一个的第三级案由。在确定案由时需要注意，当事人同时就主合同和保证合同提起诉讼的，应以主合同确定案由，不再列保证合同纠纷。
处理保证合同纠纷的法律依据主要是《担保法》第2章，最高人民法院《关于贯彻执行中华人民共和国民法通则若干问题的意见(试行)》，最高人民法院《关于适用(中华人民共和国担保法若干问题的解释》，《关于处理担保法生效前发生保证行为的保证期间问题的通知》等相关规定。
1、协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁
合同当事人 协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。
针对于保证合同的相关问题要根据实际状况来进行确定，一般来说诉讼是属于最后一种方式，在诉讼之前会有非常多的协商和调解的步骤，然后再由仲裁庭来进行仲裁，如果针对于仲裁庭的内容有所争议的话，那么最终才可以向法院提起相关诉讼。
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