主从合同违约金不一致的应该以主合同的约定为准，主合同与从合同条款不一致时，可以依据主合同的条款对从合同的条款进行补正。在法院进行起诉。一般以主合同为准。从合同的主要特点在于其从属性，即它不能独立存在，必须以主合同的存在并生效为前提。从合同从属性主要表现如下：
3、处分的从属性：当事人对主合同的处分，如无特别规定其效力及于从合同。
二、合同违约纠纷的诉讼时效是怎么规定的?
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条 【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
四、合同违约纠纷怎么起诉?
1、准备好民事诉讼状。
2、到具有管辖权的人民法院起诉，并提交相关的证据材料。
3、按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。
4、若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。”
司法实践中，在签订补充协议的时候，补充协议中的条款跟主合同不一致，出现这种情况说，明双方当事人非常欠缺法律常识，及时起诉至法院，人民法院也要以主合同的约定为准。
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