企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，在经济交易行为中支付的违约金、赔偿金允许在税前扣除。
由于该商业合同赔款、违约金是由销售方支付购货方，不属于缴纳增值税或营业税的范围，因此，不需要开具发票，但是入账并税前扣除应具备必要的证据以证明该经济行为的真实性。也就是说，企业应该向税务局申请扣除，税务局同意后才不需要做纳税调整。
违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，一方当事人违约的，应向另一方支付的金钱。违约金的标准是金钱，但当事人也可以约定违约金的标的物为金钱以外的其他财产。合同违约金数额由双方约定。但最高不得超过所遭受损失的30%，超过30%的，可以请求法院适当予以减少。如果合同当事人在合同中没有约定违约金的，违约金等于违约所造成的实际经济损失。合同法第一百一十三条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
综上所述，企业之间贸易往来，双方会用买卖合同来规范双方的权利义务，保障合同顺利履行。如果一方违约，按照合同条款支付违约金。对于这笔支出和收入，从税务的角度看，不用对增值税做出调整，这个可以在税前抵扣。违约金数额双方商定，原则上不能高于合同金额的30%。
