1、股东。
① 股东人数不符合限制。
公司在设立时，有限责任公司和股份有限公司的股东人数要求不相同。有限责任公司的股东一般为2-50人，股份有限公司一般为2-200人，上市后无人数限制。有限责任公司和股份有限公司有着人数的限制，超出或小于都属于股东人数上面的瑕疵。
② 股东缺少相应的民事行为能力。
公司的运营经常需要股东行使股东权利，无民事行为能力人和限制民事行为能力人都是行为能力存在瑕疵，二者行使民事权利需要经过代理人或监护人的同意，因此公司设立时要注意股东是否具有相应的民事行为能力。
2、资金。
① 股东出资不足。
我国为了活跃市场活力，已将资本实缴制改为资本认缴制，公司或企业可根据自身的资金实力及资金运营状况来决定股东的出资额问题。但是对于一些国家法定规定的出资额度必须满足，以免造成出资不足问题，公司及出资不足的股东需要在出资不足的范围内承担相应的民事责任。
② 出资价值不实。
股东出资的方式多种多样，可以以现金的方式出资，也可以以知识产权、不动产等方式出资，但是出资评估需准确，不能弄虚作假。出资价值评估出现错误，导致出资价值不实，就容易出现出资价值的瑕疵。
③ 出资形式瑕疵。
目前来说，我国允许的出资方式包括：货币、实物、知识产权、土地使用权。其他的像特许经营权、劳务、姓名权等出资的是不被允许的。
3、章程。
① 未对股东权利进行明确约定。
公司在运营过程中容易出现股东权利滥用的情况，主要是前期章程在制定时并未对股东权利做出明确的约定和限制，导致股东权利不受约束。
② 章程内容违法。
公司章程虽然可以由内部人员来制定，但是公司章程必须符合法律规定。否则，违反法律规定的公司章程不能产生法律效力。
1、公司设立时存有瑕疵，究竟应宣布无效还是承认公司的主体地位?
实际上，这既是一个价值取向问题，也是一个公共政策问题，它取决于对两种利益的比较，即是对公司组织的维持还是对公司少数人利益的保护。
公司作为商事组织的基础和核心，对社会经济的发展和商事事业的繁荣具有重大影响，对于社会经济秩序的维护具有重大意义。当某一个公司尤其是股份公司经过一系列的复杂程序和过程并最终成立时，往往表明该公司已经不再是一个简单的法律实体，它实际上已经同社会的公共利益有很大的关系:一些人已经取得了公司的股份，期待着公司能给自己最大量的投资回报;一些人开始为公司事务的管理而尽心尽力，期待着能够通过自己的管理而为公司股东取得他们所希望的回报并使自己取得收益;而一些人也因为所设立的公司而找到了一份职业，并希望通过自己为公司提供劳动而取得生活保障;一些人正在积极同所设立的公司签订契约，并希望通过此种契约的履行而增加自己的财富。
这时，少数人认为公司设立瑕疵而要求法院宣告公司设立无效。法官就大家一样进入一个两难境地：
(1)考量大多数人意见，认为公司设立存在瑕疵，所设立的公司也应持续存在，否则就给社会、家庭和个人造成弥天灾难，出发点是牺牲少数人利益而维护大多数人利益。
(2)严格依照法律的公平与正义去处理，理论依据在于，某些人在公司设立过程中受到损害，如果法律不对这些人的利益加以保护，就违反了公平正义原则。
实际上，无论是维护少数人利益，还是维持企业存续，两者并不是一道不可逾越的鸿沟。一个是维护交易动的安全，一个是维护存续静的安全。都是为了维护各方当事人的利益，在各方当事人之间进行利益的分配。这两种处理办法都是合理的。关键应当对两种方案进行一下平衡。
2、根据我国实际情况，应当设立如下制度：
比如：公司设立无效，只能在公司成立两年内由什么样的人提出，并进行清算，其效力无溯及力,不影响判决确定前公司股东、债权人之间产生的权利义务，保护交易安全和经济秩序。这也是商行为无效及可撤销制度和一般民事行为无效及可撤销制度的区别。
有些时候，虽然公司最终已经成了并且依法取得了设立证书，但实际，因为公司设立行为为不完全具备公司法所规定的实质要件，从而导致公司设立上面存在一些瑕疵。在公司瑕疵设立的情况下，可能会导致公司设立无效或者被撤销。而一般基于股东、章程以及资金三方面，其实都有可能造成公司设立瑕疵。
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