两者最重要的区别是前者具有非流动性(或有限流动性)，不可以随意转让，只能在员工退休或离开企业时由企业购回。这样可以避免企业员工只注重股份转让收益而放松对企业发展的关切。员工只有在企业长期工作并做出贡献，才能得到较高的股份收益。
员工持股制度虽与典型的股份制企业在持股人资格、收益分配、股票出让等方面存在差别，但依然是以资产的个人占有为基础而拥有相应的剩余索取权和控制权的，它不允许企业外人员占有其股份(即成为持股会成员)，企业员工则必须认购本企业的股份。认购股份的多少取决于企业资本与劳动的比例。员工离开企业时，企业要回购其股份。
《公司法》
第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。 股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。 经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。 公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
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