一、总公司借款给分公司合同合法吗?
分公司是公司的分支机构，分公司的资产是公司资产的一部分，公司为其分支机构提供钱款不是借贷关系。 总分公司之间的运营资金往来 不需要签订借款协议，不需要收取借款利息。分公司属于企业法人的分支机构，不具有法人资格，不能独立，所以也不是独立法人。没有自己的注册资本金，所有运营资金是总公司出的。 如果是母子公司之间的资金借贷，是需要签订借款协议并约定借款利息的。
二、法律依据
《民法典》（2021年1月1日起实施）和《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十四条：公司之间的借款并非全部不合法。
企业之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同，除了对于存在《民法典》（2021年1月1日起实施）规定及《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十四条情形的，属于合法有效的
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十四条：
具有下列情形之一，人民法院应当认定民间借贷合同无效：
(一)套取金融机构信贷资金又高利转贷给借款人，且借款人事先知道或者应当知道的;
(二)以向其他企业借贷或者向本单位职工集资取得的资金又转贷给借款人牟利，且借款人事先知道或者应当知道的;
(三)出借人事先知道或者应当知道借款人借款用于违法犯罪活动仍然提供借款的;
(四)违背社会公序良俗的;
(五)其他违反法律、行政法规效力性强制性规定的。
《民法典》（2021年1月1日起实施）
第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百四十四条 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十五条 限制民事行为能力人实施的纯获利益的民事法律行为或者与其
由于总公司与分公司属于同一法人代表下的单位，双方之间的资金往来并不能用借贷的方式进行处理，双方可以通过股权转让或者其它正常的商业行为来进行处理，具体情况可以向工商行政管理部门咨询办理，避免出现法律适用错误的情况。
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