一、合同主体是总公司分公司盖章?
由总公司盖章，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担，在司法实践中，第三人选择由分公司承担或公司承担或分公司与公司共同承担。因为分公司(非法人组织)具有一定的团体财产，构成一定的责任能力，但其财产并不完全独立，其责任能力不完整，故一般由其上级法人承担补充责任。
二、 相关情况
1、有营业执照的分公司
A、合同效力：分公司虽然不具备独立的法人资格，但是依照法律的规定进行登记，取得了营业执照，具备了经营经格，可以以自己的名义签订经济合同，但一般要在公司的授权范围内进行，司法实践中一般不会因为是分公司签订的合同而认定无效。
当然，为保证合同的履行，在与分公司签订合同之时，第三人可以要求加盖公司印章，或在合同未履行前，要求公司进行追认。(有人认为：合同签订后尚未履行的，属于效力待定的合同)。另外，分公司以自己的名义对外签订的保证合同因无效。
B、法律后果：公司法第31条“分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担”，但在司法实践中，第三人选择由分公司承担或公司承担或分公司与公司共同承担。法理依据：因为分公司(非法人组织)具有一定的团体财产，构成一定的责任能力，但其财产并不完全独立，其责任能力不完整，故一般由其上级法人承担补充责任。
C、诉讼主体：分公司虽不具有独立的法人资格，但属于民事诉讼法上的其他组织，故可以单独作为原告或被告作为诉讼当事人。在司法实践中，为便于执行，第三人可以将公司与分公司列为共同被告。
2、无营业执照的分公司
A、分公司在没有领取营业执照前从事经营活动是违反公司法的规定的(公司法第29条：“设立有限责任公司的同时设立分公司的，应当就所设立分公司向公司登记机关申请登记，领取营业执照。有限责任公司成立后设立分公司，应当由公司法定代表人向公司登记机关申请登记，领取营业执照。”因此，分公司没有领取营业执照而从事经营，系非法经营，不具备合法的主体资格，其所签定的合同依据相关法律(《民法典》第143条)当然是无效的。
《民法典》（2021.1.1生效）第一百四十三条 【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
B、法律后果：无效合同不具有法律效力，而由此产生的法律后果则应由设立它的公司承担，但是与分公司签定合同的第三人知道或者应当知道这种情况的，公司可以根据该第三人的过错程度减轻或者免除责任。
C、诉讼主体：依据民事诉讼法，不属于其他组织，不能作为诉讼主体。分公司不能作为原告行使民事诉讼权利，须有公司作为原告参与诉讼，行使合同当事人权利。司法实践中，第三人可选择将公司作为被告或分公司及公司作为共同被告(因起诉前并不知道分公司有无营业执照)。
总公司与分公司是有着直接的隶属关系的，所以分公司的相关情况必须得到总公司的授权和许可，具体情况下总公司来应当严格按照法律规定的情况与分公司就相关情况进行协商沟通，但如果涉及到重大合同的签订，一般需要由总公司来进行签订。律图有在线律师，如果您有任何的疑惑，欢迎您随时咨询。
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