建筑公司分公司入股协议是无效合同，分公司不可以入股。分公司不是企业法人,因此,不具有法人资格,不能独立承担民事责任,不是能持有股权的民事权利主体。没有法人财产权,不是持有股权的适格主体。无效合同包括：
1、一方以欺诈、胁迫的手段订立的损害国家利益的合同;注意：一方以欺诈、胁迫手段订立的合同，属于意思表示不真实的合同，一般属于可变更或撤销的合同，只有在损害了国家利益时，才属于无效合同;
2、恶意串通，并损害国家、集体或第三人利益的合同;
3、合法形式掩盖非法目的的合同;
4、损害社会公共利益的合同;
5、违反法律和行政法规的强制性规定的合同;
6、提供格式条款一方免除责任、加重对方责任、排除对方主要权利的条款无效。
二、投资入股合作协议的写法是什么?
根据《中华人民共和国公司法》和中国的其它有关法律法规，本着平等互利的原则，通过友好协商，同意在中华人民共和国广东省佛山市共同投资成立有限责任公司，特订立本合同。
1、本合同的投资各方为：
2、公司的成立
3、注册资本
公司的注册资本为______________万元人民币。
4、投资各方的出资方式和出资额
5、合资各方认为需要规定的其他事项
6、合同的修改、变更和终止
7、争议的解决
凡因执行本合同所发生的或与本合同有关的一切争议，各方应通过友好协商解决，如果协商不能解决，应提交佛山市仲裁委员会仲裁或向人民法院进行诉讼解决。
8、合同生效及其它
本合同投资各方各一份，共 份。自投资各方签字之日起生效。
投资各方签名：
签字日期：
建筑公司不会不清楚分公司是不能入股的，而作为建筑公司的分公司，分公司的负责人一般也不可能在瞒着总公司的情况下去签订一份入股协议，虽然分公司不能入股，但总公司还是可以向其他公司投资入股的。
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