分公司负责人应当和总公司签劳动合同的。一般来说总公司对分公司管控直接的是作为委派的分公司管理人员，其工资支付由总公司承担的话，那一般合同是直接和总公司签署，保险和公积金等也同样是由总公司统一支付的，这种管控模式一般是应用于总公司直接控股的分公司或直接分设的分支机构。间接管控的形式是人员由总公司委派参与分公司的运作，但其薪酬支付由分公司承担，但有区别的是有些公司是劳动合同还是由总公司签署，一般是总公司为了确保其对该人员的管控，但也有分公司直接承担保险、公积金等并签署劳动合同的。这种间接管控的形式一般多见于参股分公司当中。
总公司管理分公司,对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利，具有法人资格，可以独立承担民事责任。分公司是与总公司相对应的法律概念，是在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。分公司在法律、经济上没有独立性，属于总公司的附属机构。
1、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。
2、分公司不具有法人资格，不独立承担民事责任。
3、分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。
4、分公司没有自己的公司章程，没有董事会等公司经营决策机构。
5、分公司名称为总公司名称后加分公司字样，其名称中虽有公司字样，但不是真正意义上的公司。
综上所述，总公司设立分公司的时候，往往会委托负责人过去，这样的人员属于公司高级管理人员，和总公司之间建立劳动关系，由总公司和其签订劳动合同。对负责人的调整也是总公司人事部门办理，当然，分公司的普遍员工，可以和分公司订合同。
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