一、管辖及实际审理
根据《破产法》第21条的规定，破产债权确认纠纷应该由受理破产申请的人民法院管辖，这属于一般性的规定，理论上应该属于专属管辖。对于这个一般性的规定，还有一些例外。
1、如果债权人和破产债务人对债权债务纠纷约定了仲裁，那么当管理人对该债权不予确认登记时，债权人就应当向仲裁委提出债权确认申请，受理破产的法院没有管辖权。
2、实践中，破产案件一般由中级人民法院受理。如果破产债权确认之诉数量庞大，标的较小，争议简单的话，全部由中级法院审理，二审均由高级法院受理，不利于司法资源的有效配置。此时，受理破产申请的中级法院，可以利用《民事诉讼法》第38条规定的管辖权转移制度，将本应由自己审理的案件，报请高级人民法院批准，交由基层人民法院审理。《破产法解释二》第四十七条第二款也给予了肯定。具体操作时，职工破产债权确认纠纷可以全部交由基层人民法院审理，普通破产债权确认纠纷可以根据标的额，按级别管辖的规定本应由基层人民法院审理的案件，交基层人民法院审理。破产案件由受理破产申请的法院专属管辖，是为了实现集中审理，因此，在将案件指定基层人民法院审理时，应当指定唯一的基层人民法院，例如可以是破产债务人住所地的基层法院。报请高级人民法院批准，也无需一案一报，可以在受理破产申请时，提出方案，报请高院统一批准。以后出现破产债权确认纠纷时，按方案确定审理法院。但是立案还是应当由受理破产申请的中级法院统一立案，便于统计管理。
3、破产债权确认纠纷拟确认的债权，如果属于海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等须专门管辖的案件，则此类案件由受理破产的法院集中审理，就未必有利。此时较好的做法是由上级人民法院指定一家有权管辖此种专业案件的法院，集中审理类似案件。对此，《破产法解释二》第四十七条第三款给予了肯定。
二、案件受理费的缴纳及承担
案件受理费在案件启动时，无疑要由原告预先缴纳。在债权人是原告时，由债权人预先缴纳。受理费的数额，按所确认的债权的数额，套用财产案件收费标准计算。因为破产债权确认之诉是因为进入破产程序后，由给付之诉转化而来的确认之诉，理应按给付之诉的标准缴纳受理费。
因为破产债权受偿率不高，所以许多人认为按标准缴纳受理费过高，这有一定的道理。但是，如果债权人作为原告，胜诉后案件受理费是由债务人承担的，债权人利益并不会受损。债务人败诉后，需要承担的受理费，应当列入共益债务，随时向法院缴纳，法院将已收取的债权人预交的受理费返还债权人。
债务人败诉后应当缴纳的受理费，之所以属于共益债务，是因为该费用的目的是为了保护债务人总的消极财产不增加，对所有债权人都是有利的，符合共益债务的定义。只不过因为败诉，保护总的消极财产不增加的企图失败了，但这并不改变案件受理费的共益债务的性质。
三、对一般债务利息的计算的特别说明
《最高人民法院关于执行程序中计算迟延履行期间的债务利息适用法律若干问题的解释》第一条第二款规定，迟延履行期间的一般债务利息，根据生效法律文书确定的方法计算;生效法律文书未确定给付该利息的，不予计算。对于此条文的理解一直争议很大，正确理解这个条文，法院在判决时，应当根据合同，将一般债务利息判至实际清偿之日。但部分法院未正确理解这个条文，还是按老办法，将一般债务利息判至判决书确定的履行届满之日。这种结果，导致债权人的一般债务利息，超过履行届满之日后就不能主张了，侵犯了债权人的合法权益。管理人在实践中遇到类似问题，应当根据判决书据以作出的合同，审查一下合同约定的债务利息是否是给付至债务实际清偿之日，如果是的话，那么就应该支持债权人申报一般债务利息至受理破产裁定作出之日。不要太局限于上述法律条文的表述，导致侵犯债权人的利益，产生无谓的争议。
