《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则纳税。我国《合伙企业法》规定，合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。合伙人的出资、以合伙企业名义取得的收益和依法取得的其他财产，均为合伙企业的财产。
根据上述规定，甲企业需将该项股权转让所得并入生产经营所得和其他所得扣除相关成本费用后的净所得，由投资者分别缴纳所得税。
该项股权投资是以合伙企业的名义出资的，根据《财政部、国家税务总局关于印发关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定的通知》(财税〔2000〕91号)，合伙企业的收入总额包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，财税〔2008〕159号文件规定，生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得(利润)。
财税〔2000〕91号文件规定自然人投资者在取得该项股权转让收益时，应作为投资者的生产经营所得，比照《个人所得税法》中规定的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为(2000-1000)×35%-0.675=349.325(万元)(暂不考虑该投资者可税前扣除的其他费用)。
如果该项投资是以自然人投资者个人的名义出资的，取得该项股权转让收益则不属于该合伙企业的收益，需要按照《个人所得法》中规定的“财产转让所得”适用20%的税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为(2000-1000)×20%=200(万元)(暂不考虑可税前扣除的相关合理费用)。
二、企业投资者涉税处理
财税〔2008〕159号文件规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。根据该规定，企业投资者从合伙企业分得的净收益需要缴纳企业所得税。该企业投资者本年度从合伙企业的分配所得应纳所得税为1000×25%=250(万元)。企业投资者对该项已缴纳所得税后的利润，须作为企业投资者对该合伙企业的分红进行入账。对于企业投资者确认的分红所得，根据我国《企业所得税法》及其实施条例规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。而《企业所得税法》第一条规定个人独资企业、合伙企业不适用本法。居民企业不包括合伙企业。因此，企业投资者取得合伙企业分配所得已缴所得税后的利润不属于《企业所得税法》所规定的免税范围，需要并入企业投资者其他应税所得计算缴纳企业所得税。
财税〔2008〕159号文件出台时，《合伙企业法》已经修订，并将法人企业增加到合伙人的范围。该文件规定，企业投资者取得的来源于合伙企业的所得缴纳企业所得税。由于财税〔2000〕91号文件出台时，合伙企业的合伙人范围只限于自然人出资，因此，按照当时的情况，财税〔2000〕91号文件表述为比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。可以看出，财税〔2000〕91号文件的这个规定与财税〔2008〕159号文件出现了抵触，因此，合伙企业在实务操作过程中需要按照新法优于旧法的原则执行财税〔2008〕159号文件规定。
另外，合伙企业在执行税收文件过程中，会产生如下纳税情形：按照财税〔2008〕159号文件规定，投资于同一合伙企业的两位投资者由于其性质不同，对于合伙企业的分配所得需要分别适用不同的所得税率，即自然人投资者适用个体工商户适用税率5%~35%，而企业投资人适用企业所得税率25%。企业投资人取得合伙企业的分配所得，先按合伙企业的规定缴纳企业所得税，按照《企业所得税法》及其实施条例的规定，该所得属于企业投资人的分红所得，由于没有免税规定，需并入投资人的其他应税所得，再计算缴纳企业所得税。
三、相关政策待明确
根据我国《合伙企业法》的规定，自然人、法人和其他组织均可以成为合伙企业的合伙人，合伙的形式也各有差异，分为普通合伙企业、特殊普通合伙和有限合伙企业。不同性质的合伙人、不同形式的合伙企业，在股权转让、投资分利等事项发生时，如何正确履行相应的纳税义务，是投资者所关注的问题。
近期《财政部、工商总局关于推动大中型会计师事务所采用特殊普通合伙组织形式的暂行规定的通知》(财会〔2010〕12号)要求大型会计师事务所应当于2010年12月31日前转制为特殊普通合伙组织形式;鼓励中型会计师事务所于2011年12月31日前转制为特殊普通合伙组织形式。这项政策的出台也增加了合伙企业对相关税收政策的需求。
《企业所得税法》第二十六条规定的免税收入包括：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益。但是目前并无文件规定企业投资者从合伙企业取得的权益性收益的纳税操作程序。
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