向慈善机构捐款100万可以直接免税的，假如你企业年缴纳100万，这项捐款只影响你企业综合税负，税务部门查账征收，100万是减税部分，其余部分是应税额的基数。向税务部门说明时捐款要有收据或者受捐方的证明。
《个人所得税法》第四条
下列各项个人所得，免征个人所得税：
（一）省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
（二）国债和国家发行的金融债券利息；
（三）按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
（四）福利费、抚恤金、救济金；
（五）保险赔款；
（六）军人的转业费、复员费、退役金；
（七）按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
（八）依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
（十）国务院规定的其他免税所得。 前款第十项免税规定，由国务院报全国人民代表大会常务委员会备案。
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