1、以机构投资者为主。自然人仅限特定情况才允许投资。
2、 实行股份转让限售期。新三板对特定主体持有股份规定限售期，另对挂牌前增资、控股股东及实际控制人转让股份等也分别规定了限售期。
3、设定股份交易最低限额。每次交易要求不得低于1000股，投资者证券账户某一股份余额不足1000股的，只能一次性委托卖出。
4、交易须主办券商代理。主办券商代为办理报价申报、转让或购买委托、成交确认、清算交收等手续，挂牌公司及投资者在代办系统所进行的股份交易的相关手续均需经主办券商办理。
5、 依托新三板代办交易系统。新三板代办交易系统依托于深圳证券交易所建设，与中小板、创业板等并列于深圳交易所交易系统。
6、 投资者委托交易。投资者委托分为意向委托、定价委托和成交确认委托、委托当日有效。意向委托、定价委托和成交确认委托均可撤销，但已经报价系统确认成交的委托不得撤销或变更。
7、 分级结算原则。新三板交易制度对股份和资金的结算实行分级结算原则。
(2)新三板交易公司挂牌前的自然人股东(挂牌公司自然人股东只能买卖其持股公司的股份。)
(3)通过定向增资或股权激励持有公司股份的自然人股东。
(4)因继承或司法裁决等原因持有公司股份的自然人股东。
(5)协会认定的其他投资者。
三、交易制度的问题
设置交易门槛限制股份流动性。新三板限制了部分投资者进行投资，从而也限制了更多新三板挂牌公司股权金进入交易市场，最终也影响了新三板交易制度的活跃程度。
券商作用仍有进一步扩宽的空间，券商的主要功能在代理交易作用，其对于新三板交易并不能发挥进一步作用，诸如进一步引导和发现价格，促成交易等方面作用都十分有限。
融资仍然存在一定难度，新三板交易制度由于存在流动性问题，致使不能充分满足挂牌公司的融资需求，希望通过广泛的投资者的快捷融资存在一定难度。
个人投资者参与交易受限，虽然此举旨在减少风险，但也使得广大个人投资者无法分享到新三板挂牌企业的发展成果。
非公众公司交易受限200人红线，这在一定程度上限制了新三板挂牌公司股份交易的活跃程度。
证券交易市场对于新三板的交易规则的监督要求，必须机构是以投资者为主的，如果是我国公民想要投资新三板的话，必须在某些特定情况下才允许。另外，证券账户余额的股份不足一千股的话，不允许参与新三板交易，现如今的新三板交易制度，对股份和资金的结算是采取的分级结算原则。
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