依据我国相关法律的规定，公司因增加注册资本问题产生纠纷的，是属于民事纠纷的一种，一般是由公司所在地人民法院管辖的。
1、在实践中，公司主要办事机构一般是指公司董事会等重要机构。因为董事会是公司的经营管理决策机构，对外代表公司的。
2、在实践中，公司主要办事机构一般也指公司的主要营业地。主要办事机构，可能在登记地，也可能在营业地，而营业地可能有多个主要的营业地、次要的营业地。但是会出现如下问题：
(1)主要和次要营业地难以区分，主要营业地未必是主要办事机构所在地。这样往往会发生管辖异议。
(2)增加了原告的取证难度。原告起诉时必须去实地勘察营业地，并取得照片等初步证据。
3、登记地具有唯一性，一般以登记地为当然管辖地。
公司可以建立多处生产、营业场所，但是经公司登记机关登记的公司住所只能有一个，应当是在为其登记的公司登记机关的辖区内。营业地也可以管辖，对方提出管辖异议的，经查该营业地是主要办事机构所在地的，可以继续管辖，经查该营业地不是主要办事机构的，应当移送登记地管辖或主要办事机构所在地管辖。
依据《民事诉讼法》的规定，因出资纠纷向法院起诉股东的，应该到股东所在地的法院提起诉讼。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
总的来说，按照相关法律和规定以被告住所地或出资协议履行地为管辖地，但必须要综合考虑公司的所在地确定管辖法院。 实际情况需要按实际来分析，建议找个相关专业律师来解决比较好。
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