对于有限责任公司基于约定进行股权回购后股权如何处理，根据工商总局对于《公司法》74条法定回购条款的规定，收购股权应依法办理减资变更登记。
股权回购后应按照法定程序办理减资工商变更手续。根据司法判例，公司名义上进行减资，但未履行减资法定程序的，视为抽逃出资性质。
(1)与持有本公司股权的其他公司合并;
(2)收购持有本公司股权的其他企业;
(3)受让其他公司的全部营业;
(4)减少资本;
(5)建立员工持股计划(ESOP);
(6)建立股权期权计划;
(7)股东死亡时，依照事先达成的协议，由公司受让该股权而临时持有;
(8)少数股东行使异议评估权;
(9)作为一种股利分配方式;
(10)其他原因。
总体来说，有限责任公司的股权回购通常被设计用来允许某一股东退出公司并就其投资进行清算。而与原有股东按比例购买相比，由公司回购往往在条件、程序等方面更加简单、方便，并且可能具有某种税收上的优势。
法律对于有限公司股权回购没有禁止性规定，根据当前法律规定及司法判例，有限责任公司可以在以下条件下进行股权回购。
1、法定回购：
《公司法》第74条规定了有限责任公司必须回购股权的股东异议回购权情形包括：
(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的;
(二)公司合并、分立、转让主要财产的;
(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
2、约定回购：
《公司法》对于股份公司回购股权的的条件做了禁止性的限定，而仅对于有限责任公司的股权回购异议权做了限定式的规定。根据“法无禁止即许可”的原则，有限责任公司可以在《公司法》第74条异议回购权的情形以外与公司约定进行股权回购。同时最高法解释对于公司与股东合法的股权回购意思自治，持支持态度。
3、禁止回购
根据司法判例，公司在处于亏损严重无法正常经营，且回购股权会加重公司的经营困难，不利于公司债权人利益保护的情况下，禁止公司回购股权。
股权回购包括法定的回购，约定的回购还有禁止回购的形式，不同的形式进行不同的股权回购的办理，股权回购的原因也有很多种，包括建立股权期权计划，建立员工持股计划等不同的原因。
