(一)公司未能取得工商登记
按我国《公司法》规定，在申请公司登记时须提交法定验资机构出具的验资证明，否则公司不得成立。如因股东出资瑕疵问题，导致验资机构不予出具验资证明，公司无法成立的，即应向其它股东承担违约责任。承担违约责任后，除另有约定外，股东仍有继续出资或补缴出资的义务，公司仍可继续设立。
(二)公司已登记成立
1、股东的补缴义务：股东之间的关系开始于股东之间缔结的发起人协议，但在这一契约下各方当事人并不因此而取得股东资格，而仅仅是启动了公司设立程序。在公司章程经股东会通过后，这一契约即为公司章程所取代，各股东取得股东资格，并确定其出资的义务和份额，因此股东的出资义务源于公司章程。从公司章程性质来看，其首先是各股东之间的一项契约，其次是作为公司的根本制度。从最简化的角度来看，单一股东与公司的关系，可视为股东以其出资换取作为公司股东的资格，享有股东权。因此股东违反公司章程的，实际上同时违反了两种性质的契约，需承担两方面的违约责任。但股东的出资义务是向公司履行，而不是向其它股东。如果公司已经成立，则其已具有独立法人资格。作为出资的接受方，由其向股东主张权利是理所当然的。与此同时，工商部门作为公司登记管理机关，也有权责令改正，即要求股东补足出资，并可处以罚款。
2、其它股东的连带责任：出资瑕疵股东未能补足出资的，公司其它股东负有连带补缴的义务。按《公司法》规定，股东有出资不实情形的，应当由交付该出资的股东补交其差额，公司设立时的其他股东对其承担连带责任。即首先由违反出资义务的股东自行补缴;未能自行补缴时，再由其它股东补缴。这里仅规定了出资不实情形下其它股东的补缴责任，对股东未实际出资或迟延出资情形下是否仍适用其它股东的连带补缴责任，则未予明确。
这一连带责任的法理依据何在?本人以为，各股东在共同发起设立公司的过程中实际上形成了一个类似于合伙性质的组织，并共同承担公司设立过程中产生的债务和其它不利后果。我国公司法所实行法定资本制，并要求股东在公司成立前足额缴纳出资，否则公司不得成立。这一法定责任所针对的不是某一股东，而是发起人全体。而且不以责任人的过错为前提，只要有资本不足的事实，即产生股东之间的连带补缴责任。其它股东补缴后，可以向出资瑕疵股东追索赔偿，也可按实际出资比例对股权进行调整。
公司运营和股东享有股东权的基本前提都是股东对公司的出资。股东违反出资义务，未出资或未足额出资、迟延出资、抽逃出资，却要按公司章程规定份额享有股东权，显然有违利益与风险一致性的原则。因此股东出资存在瑕疵的，应按其实际出资份额享有股东权;未出资的，即不应享有股东权。如在发现出资瑕疵前公司已经向该股东分派过红利，应对该部分收益的全部或超过部分进行追缴，再按比例分派给其它股东。
4、对债权人的保护
股东出资瑕疵直接导致公司法人财产的减少，对债权人实现债权显然不利。而公司基于各种原因，实际上可能并不会向出资存在瑕疵的股东追索。从保护债权人合法权利的角度，赋予其向出资瑕疵股东追索的权利是有必要的。但这一追索权的设置存在理论依据和法律依据上的障碍。因为在公司设立后，公司本身即具有独立主体资格，公司与债权人的交易同公司股东并无直接联系。由此产生的债务和交易风险应由公司以其财产独立承担。因此，在对债权实现没有实质性障碍的情形下，债权人不应对公司内部的事务进行干涉。
但从股东与公司之间的关系来看，股东对公司负有出资义务，公司可以要求股东按章程出资或补足差额。即公司对出资瑕疵的股东享有债权。在公司怠于主张其债权，使债权人债权难于实现的，债权人应可参照民法典领域的代位权制度，行使代位求偿权，要求股东补足出资及迟延期间的利息，并由其它股东承担连带责任。公司因资不抵债而破产的，这一制度同样应予适用。
对于股东出资瑕疵的后果，可能会导致公司无法成立，适用对股东出资瑕疵不履行出资义务或者撤回全部出资的，经公司催告或者退还后，公司未在合理期限内缴纳或者退还的，在股东大会决议取消股东资格。
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