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股权转让会涉及到税收的问题，在股权转让的过程中，当事人双方应格外注意税务问题，避免税收风险。那么，股权转让税收风险有哪些?针对这些风险我们又该如何处理?下面小编为您带来了相关的介绍。
一、并购时税务风险承担条款(法人)
在收购企业股权，收购方最担心的是企业之前的税务风险(尤其在收购个体工商户或民营企业时)，如果收购以后被税务机关稽查补税，可能面临巨额的补税和罚款等。所以，收购方要求转让方承诺承担之前的税务风险，一些股权转让协议就写上“标的企业股权转让日之前产生的任何补税、滞纳金、税收违法的罚款由转让方承担”。
但是，根据税法的规定，如果标的企业产生补税、滞纳金、罚款，税务机关处罚的对象是标的企业，这是一种行政责任，不会因双方的民事合同约定而改变。
建议的表达方式：可以将表述转化为“并购企业承担的任何股权转让日之前的税收补税、滞纳金、罚款，股权转让方保证向并购企业做出等额赔偿”。通过合同条款，将补税的行政责任转化为双方的民事关系。
《公司法》第一百七十二条
公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。 一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
二、转让方获取的对赌补偿的个人所得税问题(自然人)
在投资或并购交易中，投资者为了维护自身的利益，防止投资时由于对被投资企业的估值过高而遭受损失，往往会通过“对赌条款”来对被投资企业的估值做出修正以保证自身的利益。如果被投资企业的业绩达到预定或超过预定目标，投资者可能会以货币或股权等形式补偿原股东。
根据股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》的公告(国家税务总局公告2014年第67号第9条的规定，“纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应当作为股权转让收入”。按此逻辑，转让方在获取对赌协获得的补偿应调整股权转让收入的应纳税所得额并补缴个人所得税。
三、股权交易中的税务成本承担责任主体
股权转让方如果是个人(包括境外个人)、境外企业(注：境内企业由于股权转让收益与公司的盈亏合并纳税，不涉及单独计税问题)，由于股权转让需要单独计算纳税，合同中通常需要明确涉及的税务成本由谁承担，也就是转让对价是税后的还是含税的问题。
在实务中，股权转让合同通常喜欢写“一切税费由**方承担”。其实，股权转让只涉及所得税(个人：个人所得税，境外企业：企业所得税)和印花税。通常合同只需要明确所得税由哪一方承担即可，根据税法的规定，印花税通常是双方都要承担的，股权转让应该是转让方取得收益承担纳税义务。纳税义务由税法规定，不能由民事合同自行约定，交易双方自行约定纳税义务属于违法、无效。
建议的表达方式：在合约中的表述改为“股权转让价格为税后价格”。
四、自然人股权转让时法律手续不符合税收法律规定
在实际中，许多自然人在转让股权时通常私自签订平价或折价的股权转让协议，在当地的工商部门办理变更登记手续后不去税务局备案，这个是不符合税法规定的，会受到税务的稽核和处罚。
自然人在转让股权后，应该将变更后的营业执照，股权转让协议、银行回单凭证等在税务机关备案，如果不是平价转让的，还要申报个人所得税。
五、申报的股权转让收入价格不公允
许多自然人为了少申报或不申报个人所得税，通常会在合同中约定不符合独立交易交易原则的条款，比如折价或平价转让，甚至有些新三板挂牌企业在转股系统中以很低的价格转让，以规避所得税。
67号文规定，被转让企业拥有土地、房屋等重大资产的，应以股权对应的净资产的公允价值(而非账面价值)为标准来衡量股权的转让价格是否偏低。如果符合67号文12条规定的情形，税务机构可以认为股权转让收入明显偏低，可以进行核定征收。
六、留存收益过高导致溢价过高多交企业所得税
根据国税函(2010)79号文的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
建议：在发生股权转让时，可以先将留存收益进行分配(居民企业股东分配的股息、红利等投资收益免税)，降低净资产，再转让股权，从而降低股权转让的价格和转让所得，介绍企业的所得税。
股权转让的风险涉及到税务方面的风险和合同方面的风险，法律虽然对股权转让中的各个事项都作了详细的规定，但风险难以避免地会存在。通过以上对股权转让税收风险有哪些这个问题的回答，相信大家都可以了解股权转让中的税务问题了，只有对各项风险都作出提前的预见与防范，才能更好的避免风险的发生。
