一般情况是有效的，因为工商变更登记的规定在法律上并非是合同效力性的规定，它只是管理性规定，没有登记不会影响到它的效力。但是如果说协议本身写有以工商变更登记作为合同生效条件的话，没有登记则合同没有生效。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局第29号公告）第二条规定，企业接收股东划入资产（包括股东赠予资产、上市公司在股权分置改革过程中接收原非流通股股东和新非流通股股东赠予的资产、股东放弃本企业的股权，下同），凡作为资本金（包括资本公积）处理的，说明该事项属于企业正常接受股东股权投资行为，因此，不能作为收入进行所得税处理。企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，说明该事项不属于企业正常接受股东股权投资行为，而是接受捐赠行为，因此，应计入收入总额计算缴纳企业所得税。
延伸阅读：
增资扩股是否属于股权转让
增资扩股股权转让协议怎么写
