(一)协商方式
第一种方式是通过协商处理纠纷，即专利权人与侵权人通过协商解决问题。这种方式是专利权人在侵权行为已经发生并取得一定证据的前提下，解决纠纷的有效方式。从处理结果方面来看，利用这种方式解决专利纠纷问题的最终结果大致可以分为三种：第一种是侵权人主动停止侵权行为，同时主动赔偿专利权人经济损失。第二种是纠纷双方自愿签订专利使用许可协议书，让侵权行为具有合法性。第三种是纠纷双方协商失败，只能通过其他方式处理纠纷。
专利权人还可以向专利管理部门提出纠纷仲裁申请。这种方式主要用于纠纷双方协商无果之后，纠纷双方其中一方或者双方对于协商结果都不认可，或者对于协商协议书中的某些细节无法达成一致。在这种情况下就可以向专利管理部门提出纠纷处理申请，通过第三方机构的介入解决纠纷。其具有很强的专业性以及公信力，可以在保持客观、公允的基础上，制定出符合纠纷双方利益需求的处理意见，作为中间人出现，对于专利侵权纠纷进行调解。其有权命令侵权人立刻停止当前的侵权行为，培养专利人经济损失，若其不认可处理意见，可以在收到处理结果后3日内向当地人民法院发出诉讼申请，若3日期满即不发出诉讼申请又拒不执行处理方案，专利管理部门有权请求法院对其进行强制执行。
(三)向当地人民法院提起诉讼
从专利权人角度出发，在得知某人侵犯了自己的专利权后，可以根据实际情况灵活选择处理方式，既可以向专利管理部门提出纠纷处理申请，也能直接去人民法院进行起诉。如果其决定向人民法院提起诉讼，需要注意人民法院的管辖权问题，并不是任意一级人民法院都可以处理专利权纠纷案件。在正式发起诉讼之前要确定人民法院的管辖权范围。在绝大多数地区，专利纠纷案件一般交由人民法院知识产权审判庭或是经济审判庭负责审理。
(一)人才数量不足
前文已经说过，与其他民事纠纷案件相比，专利侵权案件的处理需要很高的专业技术。负责此类案件的法官绝大多数是法律行业的专业工作人员，虽然具有丰富的工作经验，但是对于各种专利并不是十分了解，特别是对于专利技术鉴定工作缺少专业性。受到工作形式以及专利特性的影响，无法要求司法工作人员必须掌握每个行业专业技术知识。在这种背景下，大多数地区的法院缺乏具有各行业专利知识以及丰富司法经验的人才，对于案件处理速度以及判决结果的公正性会产生一定的消极影响。
(二)处理速度慢
处理专利纠纷过程中，专利权人的首要思想是要专利管理部门做出认定，然后依据其做出的处理结果，专利权人决定是否针对侵权人的侵权行为发起诉讼申请。此外，专利权人也有权发起行政诉讼。在任何情况下，只要进入诉讼阶段，专利权人就必须花费很长的时间来处理诉讼工作。专利技术以及专利产品的使用具有排他性，而针对专利的诉讼有几率引发市场巨大变化，因此诉讼效率对于专利权人而言，是一个非常关键的问题。
(三)存在恶意诉讼
实际工作中，专利权人利用手中的专利频繁发出不正当诉讼，影响竞争对手的正常经营生产，进而达到提高自身竞争力的目的。这种诉讼被称之为恶意诉讼。通常情况下，这些诉讼并没有清晰的证据，但因为专利侵权纠纷十分复杂，法院受理专利侵权案件有很高的几率会成功，但是否侵权需要很长时间才能确定。这也是该类型诉讼的目标。使用存在问题的专利发起诉讼，通过专利审查的限制，有些专利权人在不具备实质条件的情况下也能够获得专利授权，而在取得专利后，通过专利发起的侵权诉讼也会进入正常的诉讼过程中，利用这种方式让竞争对手失去市场机会。
以上就是专利纠纷案件处理方法的相关回答，在高科技时代，专利是个人或公司的无形资产，是需要当事人积极维护的，如果有任何专利纠纷的，可以通过咨询律师，法院诉讼等手段来解决问题。
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