目前并没有建立起风险共担的运作机制，缺少风险分担机制是制约专利权质押贷款的第三道瓶颈。
根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020)》第五条：“鼓励金融机构对国家重大科技产业化项目、科技成果转化项目等给予优惠的信贷支持，建立健全鼓励中小企业技术创新的知识产权信用担保制度和其他信用担保制度，为中小企业融资创造良好条件。搭建多种形式的科技金融合作平台，政府引导各类金融机构和民间资金参与科技开发。鼓励金融机构改善和加强对高新技术企业，特别是对科技型中小企业的金融服务。鼓励保险公司加大产品和服务创新力度，为科技创新提供全面的风险保障。”
专利权所固有的无形性、时间性、地域性及法定授权性等特点，增加了影响专利权质押贷款的不稳定的因素，使得专利权作为质押标的具有某些“先天不足”。
专利权作为知识产权中价值最不稳定的标的，法律上对专利权有很多规定，比如撤销程序、无效程序、异议程序;专利权人如未按时交纳专利权年费，也存在被撤销的风险;同时，专利权还很容易被牵扯到专利权侵权诉讼、专利权属诉讼及专利权行政诉讼等专利权纠纷当中，这些都无形中增加了专利权价值的不稳定性。另外，因为专利权是典型的无形财产，是一种信息，所以专利权质押无法适用一般有体物的转移占有的规定，专利权质押的设定不需以转移质物占有为要件，这在一定程度上也增加了专利权质押贷款的风险。
(二)专利权人的信用意识偏低
首先，诚实信用原则作为民法的基本原则，被各国民法奉为“帝王条款”。但我国《专利法》并未将诚实信用原则规定在总则部分，这样专利权人在专利的申请审批阶段，部分专利申请人只想获得专利权，但却不将关键技术信息公布于众，在专利说明书中不如实书写专利的技术信息，这样的专利权日后在进行专利权质押贷款时，无论是专利权的价值评估阶段，或是专利权质权的实现阶段，都有更大的不确定性，增加了专利权人的风险。
其次，由于专利权质权的设立不需要转移占有，专利权还是由专利权人占有和使用，这就更要求专利权人具有较高的诚信意识，积极地维护专利权质权人的利益，对专利权进行有效的管理和使用，以保障专利权质权人的权利能得以实现。但是目前，我国整体上信用意识偏低，企业之间专利权侵权的情形时有发生，加上专利权人的权利意识不强，在这种情况下专利权人信用意识的缺乏会使专利权质押权人要承担更大的风险。这在一定程度上也消减了金融机构开展专利权质押贷款业务的积极性。
(三)专利权的价值难以确定
因为专利权质押的标的是专利权，具体包括发明、实用新型及外观设计。其中专利权质押多以发明专利为质押标的，而发明专利其客体本质上是深奥的技术方案，并且专利权不像一般产品那样，存在一个社会必要劳动时间，因此不能通过简单计算获得某一专利权的物质消耗和时间消耗成本来得出专利权的价值。目前我国没有专门的关于专利权价值评估的准则和法规，实践中，专利权价值评估机构在进行专利权价值评估时大多都是套用有形资产评估的方法进行，有时甚至还因为所采用的评估方法不同，所得出的评估价值相差很大，这样一个缺乏权威性的价值评估结果显然是很难令银行接受的。因此，专利权价值评估难是制约专利权质押贷款的第一道瓶颈。
(四)专利权难以变现
专利权质权是一种优先受偿权，专利权质押人届期不能清偿银行贷款的，银行可以将专利权变现，并就所得价款优先受偿。虽然我国近年已逐步建立了一批国家专利技术展示交易中心，但是，专利权对技术、设备要求较高，质权的实现还是比较困难，有时甚至可能发生质押的专利权因为缺乏专利交易的市场而一文不值的情况，这严重危及贷款银行的贷款利益甚至可能导致银行贷款不能收回。所以专利权质权实现难是制约专利权质押贷款的第二道瓶颈。
(五)缺少风险共担运作机制
科技中小企业作为典型的“三高”企业，集高风险、高收益、高成长于一身，高风险是其特征之一。并且，科技中小企业由于受自身规模小、可供抵押的有形资产少，银行不愿将资金贷给科技型企业。
目前各级人民政府相继采取了包括给予专利权质押贷款贴息在内的若干制度，但是总体成效不大。归结其原因，虽然地方政府尽力推进专利权质押贷款业务的开展，但是银行等金融机构鉴于专利权质押贷款风险较大，对该业务并不热衷。专利权质押贷款风险大，又没有建立起风险共担的运作机制。
若是在建立债务关系时，采用专利权抵押的方式来建立担保关系，这样原则上来说，是可以更好的保护债权人的权益的，但是随着时间的推移，专利权本身的价值可能会受到影响，故此采用专利权来抵押贷款，银行需要承担的风险是比较大的。
