店铺被投诉商标侵权首先需要确定自己是否确实已经侵权了他人的商标，商标侵权可向市工商局商标管理处或者工商分局商标广告合同管理科投诉，也可以向人民法院起诉。向工商行政管理机关请求处理的，要出具书面请求。请求书应当写明请求的事由、请求的法律依据、请求人的名称、地址、侵权人的名称及侵权行为发生地等内容。外国人或外国企业要通过委托有涉外代理权的商标代理机构办理。
《商标法实施细则》第四十三条规定：对侵犯注册商标专用权的，工商行政管理机关可以采取下列措施制止侵权行为：
(1)责令立即停止销售;
(4)收缴直接专门用于商标侵权的模具、印板或者其他作案工具;
(5)采取前四项措施不足以制止侵权行为的，或者侵权商标与商品难以分离的，责令并监督销毁侵权物品。
(1)、投诉书。列明被投诉人、被投诉人地址、侵权事实、投诉要求、法律依据以及投诉人姓名或名称、地址、联系电话、投诉日期、代理人相关文件。
(2)、营业执照。交复印件的需原发照机关加盖公章。
(3)、商标注册证。交复印件的需经商标所有人所在地的县级以上工商行政管理机关加盖公章。
(4)、侵权证据，包括侵权实物、商标标识、有关票据或照片等。
但有下列情形之一的投诉不予受理：
(1)、被投诉人不明确的。
(2)、所投诉的侵权事实不清楚的。
(3)、所提供的投诉书件不齐全，超过三天没有补齐的。
(4)、超出本级工商行政管理机关区域管辖范围的。
(5)、投诉人就同一事实已向人民法院提起民事诉讼的。
1、要注意对证据的收集。
因为只有在证据充足的情况下，才有利行政执法机关或司法审判机关对某一行为是否是侵权行为尽快的加以认定。因此证据是影响案件办理的前提条件。诉讼法中规定证明案件真实情况的一切事实为证据。因此我们在收集证据时，也要严格遵守这一原则。也就是说，我们要尽可能的去寻找与案件有关，并能证明案件真实情况的证据。
概括的说，我们这里所说的证据主要是指以下几个方面的内容：1、被侵权人的在先权利证明文件。(包括商标注册证、专利证明、版权登记证明、与案件有关的获奖情况证明等)2、被侵权人的产品样本。3、侵权产品样本。4、购买侵权产品的证明。这里主要是指购买发票。在发票上一定要注明，侵权产品名称、购买侵权产品的地点、侵权产品的价格、销售人的名称等事项。
2、我们在对证据进行了初步的收集整理后，应该到专业的代理机构进行咨询。
专业人士会对案件进行初步的分析，并会对细节问题提供专业建议，有利于我们更好的办理案件。
这里需要指出的是，对侵权案件的处理大体上有两种途径。
1)行政查处。这种方法的主要优势在于，查处力度大，查处行动快。对制假者和售假者打击迅速能有效制止侵权行为的蔓延。但单独使用这一方法，很难将法律赋予投诉人的权利用尽。这里所指的就是损害赔偿问题。一般来说，侵权行为人因实施了侵权行为会给被侵权人带来经济上的损失，同时投诉人为制止侵权行为会投入一定的资金和人力，许多企业都希望侵权行为人因实施了侵权行为对被侵权人提供一定的经济赔偿，以弥补被侵权人所遭受的损失。现行的《商标法》、《产品质量法》里也有明确的规定(详见《商标法》)但由于通过行政机关请求赔偿，在执行过程中存在一定的难度，因此被侵权人权利不能用尽。
2)诉讼程序。适用这一程序的优势在于，查处力量大，投诉人可以依据有关法律规定，要求侵权行为人对其实施的侵权行为给被侵权人造成的损失予以赔偿。但诉讼程序相对复杂，投诉人很难在没有专业律师的协助下单独实施。
3)制作投诉书或起诉书。
投诉书或起诉书的制作要注意将事实和语气有效的结合在一起，以利于案件的顺利进行。笔者认为，投诉书或起诉书是直接影响案件进程的最直接因素，因此建议委托专业人士来完成。
同时我国商标法明文规定，“外国人或者外国企业在中国申请商标注册和办理其他商标事宜的，应当委托国家指定的组织代理”。换言之，外国人或外国企业在中国境内办理商标侵权案件，应委托国家指定的组织代理。
4、进行投诉或起诉。
商标侵权案件在经济生活之中还是比较常见的，怀疑自己的商标被侵权的，不应该立即就向当地的相关部门举报。同时已经被举报称其侵权了他人的商标的，不能只是口头的否认没有侵权，必须要配合当地的司法机关的检查，才能确定具体是否侵权。
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