1、权利人向海关总署提出备案申请：修订后的《知识产权海关保护条例》取消了强制备案的要求，但为了更充分地发挥海关对知识产权的主动保护职能，知识产权权利人可以将其知识产权向海关总署申请备案。
2、进出境地海关扣留侵权嫌疑货物：知识产权海关保护的原则是禁止侵犯知识产权的货物进出口。海关扣留侵权嫌疑货物可以依知识产权权利人的申请作出，也可以依职权调查处理。
3、海关调查：在主动保护模式下，海关应当自扣留之日起30个工作日内对被扣留的侵权嫌疑货物是否侵犯知识产权进行调查、认定;不能认定的，应当立即书面通知知识产权权利人。
海关实施知识产权保护发现涉嫌犯罪案件的，应当将案件依法移送公安机关处理。
1、范围：我国海关保护知识产权的范围主要限于狭义的知识产权，主要是指《商标法》及《商标法实施条例》保护的商标专用权，《著作权法》及《著作权法实施条例》保护的著作权和与著作权有关的权利(著作邻接权)，《专利法》及《专利法实施细则》保护的专利权。
2、模式：根据修订后的《知识产权海关保护条例》，海关对知识产权的保护分为主动保护和被动保护两种执法模式。主动保护指海关依据法律赋予的职权，主动采取措施，保护知识产权;被动保护指由知识产权权利人(主要是商标注册人、专利权人或著作权人)向海关提出申请，海关依照其申请对其知识产权提供保护。
1、专利权的行政保护：
主管机关为国家知识产权局和地方知识产权行政管理部门，负责对专利纠纷进行行政调处。专利纠纷主要包括：专利侵权纠纷、专利权属纠纷等。知识产权管理机关受理专利纠纷案件的条件如下：调处请求人必须是与纠纷和争议有直接利害关系的单位或个人;有明确的被请求人;有具体要求和事实依据;属于知识产权管理机关管辖范围和受案范围;当事人尚未向人民法院起诉。
2、商标权的行政保护：
主管机关为侵权行为地的县级以上工商行政管理部门，负责对侵犯商标权的行为进行行政处罚。
3、著作权的行政保护：
主管机关为国家版权局和地方著作权行政管理部门，负责对侵犯著作权的行为进行行政处罚。
