1、以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。
商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入，也包括权利人预期的若干年内收益。主要考虑的因素有：商业秘密研制开发的成本、商业秘密的成熟程度、商业秘密的利用周期长短及其是否可以重复利用，以及商业秘密的使用和转让、市场的供求状况等。
2、以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。
这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额;违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此获得或增加的利润为损失额。如果侵权人的行为属于间接使用 (如利用跳槽员工带来的原单位的技术信息和经营信息等)，以其产生的效益为损失及赔偿额。
当上述两种方法计算不便时，可采用这种弥补性方法来计算损失额。这种方法是假定侵权方在正常情况下取得权利人商业秘密的许可使用时，其许可费用应该是多少，再推定该数额为损失额，但这并不意味着侵权人就此取得了该商业秘密的合法使用权。这里尤其值得一提的是，刑法及司法解释并未就“重大损失”和“特别严重后果”作出规定和说明。司法实践中，“重大损失”一般是指给权利人的生产经营活动造成的经济损失或丧失竞争优势、竞争能力甚至竞争资格等;“特别严重后果”是指给权利人的生产经营活动造成特别重大的经济损失，甚至导致企业清算、破产等情况。由于本罪是结果犯，如无“重大损失”则不构成犯罪，因此，从罪刑法定及罪刑相适应原则出发，立法机关或司法机关应当对此作出明确的规定或解释，以便实际操作。
二、商业秘密侵权案件中，可否提起刑事附带民事诉讼?
根据《最高人民法院关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》第一条的规定：“因人身权利受到犯罪侵犯而遭受物质损失或者财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的，可以提起附带民事诉讼”。可见，并非所有的侵权行为都可以提起刑事附带民事诉讼，只有因人身权利遭受侵犯以及因财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的案件，才能提起刑事附带民事诉讼，在请求法院对犯罪嫌疑人的犯罪行为予以认定的同时，到达获得民事赔偿的目的。
商业秘密一旦被泄露，权利人的损失往往是无法弥补的。在刑事审判中普遍认为这种损失应当指实际损失，而实际损失既包括直接损失和权利人必然失去的现实利益。而且侵犯商业秘密给权利人造成的损失不能仅仅以数额为标准，应当在重点考虑研制开发成本、利用周期、成熟程度、市场前景等直接因素的基础上，综合考虑各种相关因素，如竞争优势地位的丧失、商业信誉的下降等。
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