旧《条例》第二十七条明文规定，凡已经办理登记的软件，在软件权利发生转让活动时，受让方应当在转让合同正式签订后3个月内向软件登记管理机构备案，否则不能对抗第三者的侵权活动。该条颁布实施时曾经在实践中引起争议：一种观点认为，软件转让合同如果在3个月内不予备案，则转让合同不发生法律效力，即使 是已经实际履行的也不影响合同的无效;另一种观点则认为，软件转让合同虽然没有备案，但是在软件转让合同双方当事人之间转让已经发生法律效力，不过不能对 抗第三人。
现行《条例》第二十一条对此的规定是，软件转让合同“可以”向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构登记(国家版权 局主管全国软件著作权登记管理工作，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机 构)，强调的是自愿登记原则。
该规定的合理性表现在：
一、充分尊重当事人的意思自治，体现了国家对私权的尊重;另外从实际情况看，国家进行了几次的机构改 革，原来的软件转让合同登记管理机构已几经转换;
二、减轻了政府相关部门的负担，符合入世后政府职能转变的大的趋势;
三、避免了司法部门在审理案件时因为 软件转让合同是否生效而产生的分歧，有利于法制的统一。
故在实践中应当充分认识和掌握现行《条例》对软件转让合同登记已经由旧《条例》的强制登记改为自愿登记，准确把握软件转让合同是否登记本身并不影响该转让合同的效力。
