可以登录“中国版权保护中心”网站，申请补发证书。申请补发证书之前需要先申请“计算机软件著作权证书查询”。取得查询结果后，再申请补发证书。 查询、申请的材料可以同时提交至窗口(也可以邮寄，不过邮寄的材料受理的很慢)。版权中心现不收取任何官费。
1、申请人可以自己办理计算机软件著作权转让或专有合同登记，也可以委托代理机构办理登记。
2、申请人应当将所提交的申请文件留存一份，便于在补正程序中保持文件内容的一致。
3、办理软件著作权转让或专有合同登记可到登记大厅现场办理，也可使用挂号信函或特快专递邮寄到中国软件著作权登记部。
4、申请表应当在线打印，请勿擅自更改表格格式;申请文件都应当按规定签章，签章应当与申请表中填写的姓名或者名称完全一致。
5、申请人或代理人信息栏内的详细地址，请务必填写准确的实际联系地址，以便我中心邮寄证书或其它书面邮件。
6、著作权人为企业法人或事业法人的应提交有效的企业法人营业执照或事业单位法人证书副本复印件，并需加盖单位公章;
7、著作权人为自然人的，应提交有效的自然人身份证复印件(正反面复印)。并需提交非职务开发保证书或非职务开发证明。(下载《非职务开发证明》《非职务开发保证书》)。
8、著作权人为外国自然人的，应提交护照复印件，及护照复印件的中文译本，并需翻译者签章。
软件转让合同“可以”向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构登记(国家版权局主管全国软件著作权登记管理工作，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构)，强调的是自愿登记原则。
该规定的合理性表现在：
1、充分尊重当事人的意思自治，体现了国家对私权的尊重;另外从实际情况看，国家进行了几次的机构改革，原来的软件转让合同登记管理机构已几经转换;
2、减轻了政府相关部门的负担，符合入世后政府职能转变的大的趋势;
3、避免了司法部门在审理案件时因为软件转让合同是否生效而产生的分歧，有利于法制的统一。
