1、主观方面不同。
交通肇事罪在主观方面表现为过失;而以危险方法危害公共安全罪在主观上表现为故意，即行为人明知其实施的危险方法会危害公共安全，会发生危及不特定多数人的生命、健康或公私财产安全的严重后果，并且希望或者放任这种结果发生，实践中，这类犯罪者大多持放任态度，属于间接故意。
2、客观方面要求不同。
交通肇事罪在客观方面要求行为人违反交通管理法规，因而发生重大交通事故，致使人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为，要求违章行为必须造成法定的严重后果才构成犯罪;而以危险方法危害公共安全罪则不要求发生严重后果。
3、刑罚不同。
犯交通肇事罪，处三年以下有期徒刑或者拘役;交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑;因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑;而以危险方法危害公共安全罪，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，则要处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
