一、员工旷工扣工资合法吗
劳动法没有旷工一天扣多少工资的，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。
《工资支付暂行规定》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、单位能否认定员工自动离职
《劳动合同法》没有自离规定，《劳动法》第25条、《劳动合同法》第39条、第40条规定用人单位可单方解除劳动合同。
第三十九条规定：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的
就是员工的行为如果符合此条第二款规定，单位就可以严重违反单位规章制度为由单方解除劳动合同，给员工解除劳动合同通知，如果只是口头说员工怎么怎么样就算自离，一直没有通知解除劳动合同，劳动合同就是有效的。
因为员工旷工而扣其工资，若是不支付其当天的工资，此时不属于扣工资，因为本身员工当天就没有上班，单位自然是可以不予支付当天的工资。但要是在此之外还要扣工资的话，自然就是不合法的。不过如果旷工行为给单位造成了经济损失，此时单位可以要求员工赔偿，那么实际操作的时候就可以在其工资中扣除应当赔偿的部分。
延伸阅读：
旷工处理的法律规定
旷工多少天算自动离职
旷工几天算自动离职
