需要根据情况来看，如果双方有劳务关系，运输费属于报销类的，就可以进行劳动仲裁。如果双方是合作关系，所说的“运输费”就属于《民法典》运输合同运费纠纷一案,双方没有约定发生纠纷由仲裁机构解决的,应当起诉至人民法院管辖。
《劳动争议调解仲裁法》
第四百八十五条
劳动争议申请仲裁的时效为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。 前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。 因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
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