建设工程施工合同纠纷可以反诉。反诉成立了一个新的诉讼法律关系，是指被告在已经开始的诉讼程序中，向本诉的原告提出独立的反请求。作为反诉必须与本诉源于同一事实和同一法律关系，其目的为抵销或者吞并原告的诉讼请求或者使得原告的诉讼请求失去意义。
如发包方以工程质量存在问题为由要求承包人支付违约金或赔偿金的，其诉求不仅明确而且具体，具备《民事诉讼法》“诉”的全部条件，属于独立的诉。发包人提出来的，应当作为反诉对待。
如双方在合同中明确约定可以直接将工程质量违约金或赔偿金从应付工程款中扣减的，发包人提出扣减请求的，因双方已有了明确的约定，故该请求可以应视为抗辩，发包人也无需提起反诉。
二、建设工程施工合同效力的认定是怎么样的？
关于建设工程施工合同的效力主要审查以下几类：
1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级承揽建设工程的合同无效。
2、没有资质得实际施工人使用有资质的建筑施工企业名义承揽工程的合同无效 。在这里要特别注意区分挂靠关系与建筑企业的内部承包关系。如两者之间有产权联系、有统一的财务管理、有严格而规范的人事任免和调动或聘用手续就可以认定为内部承包关系，而不认定为挂靠关系。反之，则为挂靠关系。
3、非法转包和违法分包的合同无效。
4、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的合同无效。
5、无取得土地使用权证、无取得建筑工程规划许可证、无办理报建手续的“三无”工程的施工合同应确认无效，但在审理期间已补办手续的，应确认合同有效。
6、承包人没有承揽建设工程的资质，但具有劳务分包资质的，其与总承包人、分包人签订的劳务分包合同有效。
7、垫资施工合同不作无效认定。当事人对垫资及垫资利息有约定的，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但其约定利息计算标准不得高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率。对垫资没有约定而实际存在垫资事实的，按照工程欠款处理，对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
综合上面所说的，施工合同纠纷如果是利用诉讼的方式来进行解决的，那么被告也是有权利保障自己的权利，这是可以直接在诉讼的过程中提出反诉的请求，所以，在处理的时候就需要结合案件的情况来进行，多方面的收集相关的证据才能更好的保障到自己的权益。
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