北京市农村建房施工合同纠纷的案由定性争议，可以经过诉至法院后，涉及的首要问题即是案由的确定问题。
第一，合同的效力问题。
如果将案由定性为建设工程施工合同，根据司法解释的规定，施工人必须具备相关资质，而农村建房的施工人基本上是个体的泥工、瓦工等自行招募组织起来的个体施工队，不可能具备任何资质，因此，定性为建设工程施工合同的农村建房合同应为无效合同。如果将案由定性为承揽合同，根据合同法的规定，承揽人无需具备特别的资质，只要合同内容不违法，则定性为承揽合同的农村建房合同为有效合同。
第二，工程进度问题。
程量就无法按约计算，如果工程已经完工，且合同双方对工程量无异议，工程量就按双方合意的数字计算。如果工程未完工，或是双方对工程量有异议，只能申请相关的鉴定机关进行鉴定。将案由定性为承揽合同，因为合同是有效的，所以工程量的计算严格按合同约定履行。
第三、工程价款问题。
如果将案由定性为建设工程施工合同，按司法解释的规定，工程款的结算有如下几种情况：
(1)建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
(2)建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持。
(3)建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。如果将案由定性为承揽合同，因为合同是有效的，则工程价款按约计算。
第四，房屋质量问题。如果将案由定性为建设工程施工合同，因为造成合同无效，房主和施工队均有过错，房主明知施工队无任何施工资质而与其签订建房合同，施工队明知没有施工资质而承建建房工程，所以，房主和施工队按具体的过错程度承担房屋的质量责任。如果将案由定性为承揽合同，根据合同法的规定，承揽人交付的工作成果不符合质量要求的，定作人可以要求承揽人承担修理、重作、减少报酬、赔偿损失等责任，因此，房屋的质量责任应由施工队承担。
合同中关于违约责任的承担方式，例如违约金、滞纳金、利息等条款的约定均失去效力。如果将案由定性为承揽合同，合同中的违约条款可以得到有效保护。
第一，合同无效，将使房主逃脱及时支付工程款的责任(不必因迟延付款而承担违约责任)，等于变相鼓励房主寻找个人施工，这样花费少而且责任也小，同时，这样也会产生农民工不能及时获取工资的社会问题。
第二、合同无效，则施工人的一些违约行为，比如迟延完工、质量问题，即使给房主造成损害，房主也无从要求赔偿，而且施工人对工程也没有保修责任，这对房主的保护也是不周到的。这样就会造成一个恶性循环，房主会尽力拖欠工程款，而施工方相应的也会不注意施工质量。
第三，合同无效，则工程款的数额将难以确定。这类案件中，通常双方对工程款都会有一个确认，如果合同无效，就要进行鉴定来确定工程款，这些小工程是很难找鉴定机构的，而且这样数量众多的案件全部都鉴定，会增加审判的周期和成本，不利于及时保护当事人的合法权益。
第四、合同无效，会使当事人游离于合同保护之外而无须遵守任何约定，导致市场秩序更加混乱。
综上所述，根据司法裁判实践，将农村建房施工合同认定为“建设工程合同纠纷”后，涉及到农村建房施工合同的处理就会严格按照有关建工的法律规定处理，主要涉及到合同的订立情况、合同的效力认定以及合同的履行情况等三方面的问题处理，当事人可以通过协商形式或者法律途径予以解决处理。
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