环境违法案件行政复议后不一定会撤销相关行政行为，相关行政行为会被撤销的情形如下：
被申请人应当自收到行政复议答复通知书之日起10日内提出行政复议答复书，对申请人的复议请求、事实及理由进行答辩，并提交当初作出被申请复议的具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。
被申请人无正当理由逾期未提交上述材料的，视为该具体行政行为没有证据、依据，环境行政复议机关应当制作行政复议决定书，依法撤销该具体行政行为。
1、收到行政复议申请后，应当在5个工作日内进行审查。
第十五条
环境行政复议机关收到行政复议申请后，应当在5个工作日内进行审查，并分别作出如下处理：
(1)对符合《行政复议法》、《行政复议法实施条例》及本办法第七条规定、属于行政复议受理范围且提交材料齐全的行政复议申请，应当予以受理;
(2)对不符合《行政复议法》、《行政复议法实施条例》及本办法规定的行政复议申请，决定不予受理，制作不予受理行政复议申请决定书，送达申请人;
(3)对符合《行政复议法》、《行政复议法实施条例》及本办法规定，但是不属于本机关受理的行政复议申请，应当制作行政复议告知书送达申请人;申请人当面向环境行政复议机构口头提出行政复议的，可以口头告知，并制作笔录当场交由申请人确认。
错列被申请人的，环境行政复议机构应当制作行政复议告知书告知申请人变更被申请人。
2、环境行政复议机构应当自受理行政复议申请之日起7个工作日内，制作行政复议答复通知书。
第十八条 环境行政复议机构应当自受理行政复议申请之日起7个工作日内，制作行政复议答复通知书。行政复议答复通知书、行政复议申请书副本或者口头申请行政复议笔录复印件以及申请人提交的证据、有关材料的副本应一并送达被申请人。
第三十三条 环境行政复议机关应当自受理行政复议申请之日起60日内作出行政复议决定。情况复杂，不能在规定期限内作出行政复议决定的，经环境行政复议机关负责人批准，可以适当延长，但是延长期限最多不超过30日。环境行政复议机关应当制作延期审理通知书，载明延期的主要理由及期限，送达当事人。
就职于环境保护行政主管部门的职员，实施的具体行政行为，有可能会侵犯到公民、法人或者其他组织的合法权益。权益受损者可以依法提出复议的请求，复议请求被复议机关受理后，作为复议被申请人的环境保护行政主管部门需要提交相关材料，否则其作出的行政行为可能会被撤销。
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