与传统的、一般的民事诉讼、行政诉讼相比，环境公益诉讼有其特殊性：
环境公益诉讼的发起者不一定是与本案有直接利害关系的人。环境公益诉讼的提起者包括社会成员，如公民、企事业单位和社会团体。提起环境公益诉讼的社会成员，既可以是直接的受害人，也可以是无直接利害关系的人。任何组织或个人为了维护社会、国家利益都可把侵害公共环境利益之人推上被告席。
环境公益诉讼的目的是维护环境公共利益。具体来说，是为了保护社会环境利益、国家环境利益、及不特定多数人的环境利益，追求社会公正、公平，保障社会可持续发展。
环境公益诉讼的提起及最终裁决并不要求一定有损害事实发生，只要能根据有关情况合理判断出可能使社会公益受到侵害，即可提起诉讼，由违法行为人承担相应的法律责任。这样可以有效地保护社会秩序和国家利益不受违法侵害行为的侵害，把违法行为消灭在萌芽状态。在环境公益诉讼中，这种预防功能尤为明显且显得更为重要，因为环境一旦遭受破坏就难以恢复原状，所以法律有必要在环境侵害尚未发生或尚未完全发生时就容许公民适用司法手段加以排除，从而阻止环境公益遭受无法弥补的损失或危害。
环境公益诉讼可以是针对民事主体，也可以是针对行政主体。一般民事主体是指由于在社会生活经济活动中对环境造成破坏或损害即可以成为环境公益诉讼的对象。而在行政主体而言，行政机关作为公共利益的维护者，在个体利益的驱动下也往往未履行其法定职责，对环境造成严重的危害。甚至，国家推行的一些规划计划政策也只注重了经济利益忽略了环境价值，对环境造成的危害更为严重。所以这也就成为环境公益诉讼的另一类对象。
1、提出诉讼的主体不同
由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。环境行政公益诉讼
环境行政公益诉讼对侵害环境的民事主体提起诉讼，而环境行政诉讼是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。
2、在是否需要诉前程序方面存在差异
环境行政公益诉讼的提出需要有公告的诉前程序，而环境行政诉讼则没有这个要求。
相关法律规定：《最高人民法院最高人民检察院关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第十三条 人民检察院在履行职责中发现破坏生态环境和资源保护，食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益，侵害英雄烈士等的姓名、肖像、名誉、荣誉等损害社会公共利益的行为，拟提起公益诉讼的，应当依法公告，公告期间为三十日。
公告期满，法律规定的机关和有关组织、英雄烈士等的近亲属不提起诉讼的，人民检察院可以向人民法院提起诉讼。
根据法律规范的规定，在国家、社会、以及不特定多数公民的环境利益受到损害之后，人民检察院、专门从事环境保护公益活动的社会组织等，可以向法院提出公益类型的环境诉讼请求。
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