环境行政诉讼程序是人民法院和诉讼参加人在环境行政诉讼活动中必须遵循的法定方式和步骤的总称。根据行政诉讼法的规定，它主要包括第一审程序、第二审程序和审判监督程序。
(一)第一审程序
第一审程序是指人民法院审理第一审环境行政案件所适用的程序。第一审程序是一切环境行政诉讼案件的必经程序，是第二审程序的前提和基础。
第一审程序包括起诉、受理、开庭审理和判决4个阶段。
1.起诉
起诉是指行政相对人依照法定条件和程序向人民法院提起环境行政诉讼请求，要求人民法院行使国家审判权对其合法权益予以保护的诉讼行为。根据行政诉讼法的规定，起诉必须具备以下条件：
(1)原告必须是认为具体环境行政行为侵犯其合法权益的公民、法人和其他组织;
(2)必须有明确的被告，即对哪一个环境行政机关提起诉讼，必须明确具体;
(3)必须有具体的诉讼请示和事实根据，即明确诉讼请求要解决的问题和目的，以及诉讼请示依据的法律事实;
(4)必须属于人民法院的受案范围;
(5)必须属于受诉的人民法院管辖;
(6)必须符合行政诉讼时效的规定。
上述6个条件缺一不可，其中前5个条件，已在前面有所述及，在此，就第6个条件，即诉讼时效问题加以简述。
根据《行政诉讼法》第39条和《环境保护法》第40条规定，环境行政诉讼时效有两种情况：第一种，对行政处罚不服的起诉时效为15天;第二种，对其他具体环境行政行为不服的起诉时效为3个月。即行政相对人对环境行政机关所作出的其他具体行政行为(如征收超标准排污费等)不服的，可以在收到通知(如征收超标准排污费通知单)之日起3个月内向人民法院起诉。
2.受理
受理是指人民法院对起诉进行审查，对符合起诉条件的予以接受立案的诉讼行为。《行政诉讼法》第42条规定，人民法院接到当事人起诉状后，经审查认为符合条件的，应当在7日内立案，并通知原告预交案件受理费;认为不符合起诉条件的，也要在7日内作出不受理的裁定;原告对裁定不服的，可在收到裁定之日起10日内向上一级人民法院提出上诉。
3.审理
审理包括审理前的准备和开庭审理。开庭审理是指人民法院在当事人及其他诉讼参与人的参加下，在法庭上依法对案件进行全面审查，并作出裁判的诉讼活动，也称法庭审理。开庭审理包括：
(1)开庭准备。开庭应做好以下准备工作。第一，在开庭前3日，用传票或通知书通知当事人和其他诉讼参加人。第二，公开审理的，应当公开当事人的姓名、案由和开庭时间、地点。第三，开庭审理前，由书记员查明当事人和其他诉讼参加人是否到庭，如果都已到庭，宣布法庭纪律。第四，审判长宣布开庭、案由、合议庭组成人员和书记员名单，告知当事人的诉讼权利和义务，询问当事人是否申请回避等。
(2)法庭调查。这是开庭审理的核心阶段，其主要任务是听取当事人的陈述，审查、核实各种证据，查清案情，正确认定事实。法庭调查应按照下列顺序进行：第一，询问当事人及当事人陈述，按先原告后被告顺序，主要询问原告的诉讼请求及所根据的事实理由，询问被告答辩所根据的事实和理由。第二，告知证人的权利和义务，询问证人所作证的内容，宣读未到庭的证人证言。第三，出示书证、物证和视听资料。第四，宣读勘验笔录、现场笔录。第五，询问鉴定人，宣读鉴定结论。当事人在法庭上可以提出新的证据，经法庭许可，也可以向证人、勘验人、鉴定人发问，还可以要求重新进行勘验、鉴定和调查，但是否准许，由人民法院决定。
(3)法庭辩论。法庭辩论是当事人、第三人及其诉讼代理人，就争议的问题充分阐述自己的主张和证据，对另一方的主张进行辩驳的诉讼活动。其顺序应当先原告及其代理人发言，后被告及其代理人发言，最后由双方展开辩论。辩论终结后，审判长按照原告、被告的顺序征询双方最后意见，以保证当事人有陈述最后意见的机会。如果在辩论中当事人提出与案件有关的新的事实或证据时，合议庭有权停止辩论，恢复法庭调查，待法庭调查完毕。再继续辩论或者延期审理。
(4)合议庭评议。合议庭评议时应制作笔录，由合议庭成员签名，对重大疑难案件，合议庭作出结论后，应由院长提交审判委员会讨论决定。
4.判决
判决是指人民法院对环境行政案件经过审理，根据查明的案件事实，依据法律、法规的规定，对行政争议作出具有强制性决断的审判行为。根据《行政诉讼法》第54条规定，行政诉讼一审判决有以下4种：
(1)维持判决。维持判决是指人民法院认为具体环境行政行为事实清楚，证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，依法作出维持原行政行为，驳回原告申请的判决。作出维持判决，该具体环境行政行为必须符合以下条件：第一，证据确凿;第二，适用法律、法规正确;第三，遵守法定程序。
(2)撤销判决。撤消判决是指人民法院经过审理认定具体环境行政行为全部或部分确属违法，侵犯了行政相对人的合法权益，从而作出将其全部或部分撤销的司法决定。根据《行政诉讼法》第54条第2款规定，具体环境行政行为有下列情况之一的，判决撤销或部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为。第一，主要证据不足的，即环境行政机关作出的具体行政行为缺乏必要的事实根据和证据。第二，适用法律、法规错误的，即具体环境行政行为违反了法律、法规的有关具体规定而导致处理决定的错误。第三，违反法定程序的，即环境行政机关作出具体行政行为时违反法、法规规定的方、步骤和时限等要求，未遵循法定操作规程。第四，超越职权的，即环境行政机关作出的具体行政行为超越其职权范围。第五，滥用职权的，即环境行政机关的具体行政行为背离法律、法规基本原则和宗旨，利用职权，达到不正当的目的。
(3)限期履行义务判决。限期履行义务判决是指人民法院对环境行政机关不履行法定职责或拖延履行法定职责的行为，判令其在一定期限内履行的判决，不履行法定职责是指环境行政机关有义务在法定期限内不履行法定职责。《行政诉讼法》第54条第3款规定，人民法院作出限期履行义务判决应具备以下条件：第一，被诉的环境行政机关负有法律上的某种义务。第二，行政相对人提出的申请，必须符合法定条件。第三，行政相对人向环境行政机关提出申请后，环境行政机关不履行或拖延履行。只有3个条件同时具备时，人民法院才能作出限期履行的判决。
(4)变更判决。变更判决是指人民法院经过审理确认环境行政处罚显失公正，贪污对环境行政处罚予以改变的判决。根据《：行政诉讼法>第54条第4款规定，作出变更判决必须具备2个条件;第一，具体环境行政行为是属于行政处罚行为的。第二，环境行政处罚属于显失公正。显失公正并非指一般的处罚不当，而是处罚畸轻或畸重，明显违背了法律、法规的有关规定。例如，处罚决定的内容显然与违法事实不相当，但仍属法定的范围内，故不宜判决撤销。
关于审理环境行政案件的期限，根据《行政诉讼法>第57条规定，人民法院应在立案之日起3个月内作出第一审判决。有特殊情况需要延长的，由高级人民法院批准。高级人民法院审理第一审案件需要延长的，由最高人民法院批准。
(二)第二审程序
第二审程序是指上级人民法院对下级人民法院作出的一审案件的裁判，在其发生法律效力之前，由于当事人的上诉而进行审理所适用的程序。上诉与起诉不同，起诉是合法权益受到环境行政机关具体行政行为侵犯的行政相对人向人民法院提起的诉讼，而上诉则是当事人针对一审人民法院作出的裁定或判决不服而请求上一级人民法院重新作出裁判，其目的是纠正第一审的错误裁判。第二审程序包括上诉的提起、上诉案件的审理和上诉案件的裁判。
上诉案件的审理期限，《行政诉讼法》第60条规定，人民法院审理上诉案件，应当在收到上诉状之日起2个月内作出终审判决。有特殊情况需要延长的，由上一级人民法院批准。
(三)审判监督程序
审判监督程序是指人民法院对已经发生法律效力的判决、裁定发现其违反法律、法规，依法对案件再次进行审理的程序。审判监督程序不是人民法院审理案件的必经程序，不具有审级性质，而是一审、二审程序之外对人民法院已结案件的办案质量进行检验的一种监督程序。审判监督程序的设置，对于及时发现和纠正人民法院裁判的错误，保证案件的正确审理，维护当事人合法权益，维护国家法律的尊严，具有重要意义。同时，它也充分体现了我国审判活动所遵循的实事求是、有错必纠的原则。
审判监督程序并不由于当事人的再审申请而引起，审判监督程序的提起包括如下几种情形：
(1)原审人民法院或其上级人民法院发现已经发生法律效力的判决、裁定确有错误的，可以提起再审，进入审判监督程序。原审人民法院提起再审的，应当由院长提起，由本院审判委员会讨论决定。
(2)人民检察院认为已经发生法律效力的判决裁定违反法律、法规规定，向人民法院提起抗诉，从而引起审判监督程序的发生。最高人民检察院对各级人民法院、上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定，发现违反法律、法规规定的，如原裁判认定的事实主要证据不足，适用法律法规错误，或原裁判违反法定程序可能影响案件公正审理，原审过程中审判人员有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判的，有权向作出生效裁判的人民法院的上一级人民法院提出抗诉，案件进入审判监督程序。
(3)当事人对已经发生法律效力的裁判认为确有错误的，可以在裁判书生效2年内向人民法院申请再审。人民法院审查当事人的再审申请后，认为符合条件的，作出再审决定，进入审判监督程序。
一旦进入审判监督程序，人民法院应当作出裁定终止原生效裁判的执行.并重新组成合议庭进行审理，根据生效裁判是第一审审结还是第二审审结，分别适用第一、二审程序。
1．行政赔偿之诉环境行政赔偿之诉是指公民、法人或其他组织的合法权益受到环境行政机关或其工作人员的具体行政行为侵犯造成损害时，向人民法院提起的要求赔偿的诉讼。我国《行政诉讼法》第67条明确规定提起行政诉讼的条件是：“公民、法人或者其他组织的合法权益受到行政机关或者行政机关工作人员作出的具体行政行为侵犯造成损害的。”环境行政诉讼作为行政诉讼的一个类型，当然适用这一规定。
2．履行之诉环境行政履行之诉是指环境行政相对人为要求环境行政机关及其工作人员履行其法定职责而向法院提起的诉讼。提起环境行政履行之诉的前提是环境行政机关负有法定的职责，而环境行政机关不履行或迟延履行，并且不履行或迟延履行没有正当的理由，即环境行政机关存在不作为的行为，如拒绝颁发排污许可证、环评批复报告、环保设施验收合格证等。
3．司法审查之诉环境行政司法审查之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为不合法或显失公正而要求法院进行审查的诉讼。环境行政司法审查之诉还可以进一步区分为环境行政变更之诉和环境行政撤销之诉。
(1)变更之诉环境行政变更之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为侵害了其合法利益，而请求法院通过司法裁判予以变更的诉讼。
(2)撤销之诉环境行政撤销之诉是指环境行政相对人认为环境行政机关的具体行政行为侵害了其合法利益，而请求法院确认环境行政机关的具体行政行为部分或全部违法，并部分或全部撤销环境行政机关的具体行政行为的诉讼。
