1、提出诉讼的主体不同
由于诉讼主体的不同，导致的诉讼方式、救济方式、诉讼费用等都有差别。
环境行政公益诉讼对侵害环境的民事主体提起诉讼，而环境行政诉讼是在环境保护方面疏于职守的行政机关提起的诉讼。
2、在是否需要诉前程序方面存在差异
环境行政公益诉讼的提出需要有公告的诉前程序，而环境行政诉讼则没有这个要求。
相关法律规定：《最高人民法院最高人民检察院关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
第十三条人民检察院在履行职责中发现破坏生态环境和资源保护，食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益，侵害英雄烈士等的姓名、肖像、名誉、荣誉等损害社会公共利益的行为，拟提起公益诉讼的，应当依法公告，公告期间为三十日。
公告期满，法律规定的机关和有关组织、英雄烈士等的近亲属不提起诉讼的，人民检察院可以向人民法院提起诉讼。
《最高人民法院最高人民检察院关于检察公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》
(二)被告违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的证明材料;
(三)检察机关已经履行诉前程序，行政机关仍不依法履行职责或者纠正违法行为的证明材料。
环境行政诉讼与环境公益诉讼的区别首先表现为能向法院提出诉讼请求的主体存在差异，对于前者需要是行政相对人才可以提出，对于后者，法律允许与环境纠纷案件没有利害关系人的检察院、满足一定条件的社会组织提出。
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