1、合法原则。生态环境部门应当在法律、法规、规章确定的裁量条件、种类、范围、幅度内行使行政处罚自由裁量权。
2、合理原则。行使行政处罚自由裁量权，应当符合立法目的，充分考虑、全面衡量地区经济社会发展状况、执法对象情况、危害后果等相关因素，所采取的措施和手段应当必要、适当。
3、过罚相当原则。行使行政处罚自由裁量权，必须以事实为依据，处罚种类和幅度应当与当事人违法过错程度相适应，与环境违法行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
4、公开公平公正原则。行使行政处罚自由裁量权，应当向社会公开裁量标准，向当事人告知裁量所基于的事实、理由、依据等内容;应当平等对待行政管理相对人，公平、公正实施处罚，对事实、性质、情节、后果相同的情况应当给予相同的处理。
二、环境污染行政处罚的参考依据有哪些?
1、有下列情形之一的，可以从重处罚。
(1)两年内因同类环境违法行为被处罚3次(含3次)以上的;
(2)重污染天气预警期间超标排放大气污染物的;
(3)在案件查处中对执法人员进行威胁、辱骂、殴打、恐吓或者打击报复的;
(4)环境违法行为造成跨行政区域环境污染的;
(5)环境违法行为引起不良社会反响的;
(6)其他具有从重情节的。
2、有下列情形之一的，应当依法从轻或者减轻行政处罚。
(1)主动消除或者减轻环境违法行为危害后果的;
(2)受他人胁迫有环境违法行为的;
(3)配合生态环境部门查处环境违法行为有立功表现的;
(4)其他依法从轻或者减轻行政处罚的。
3、有下列情形之一的，可以免予处罚。
(1)违法行为(如“未批先建”)未造成环境污染后果，且企业自行实施关停或者实施停止建设、停止生产等措施的;
(2)违法行为持续时间短、污染小(如“超标排放水污染物不超过2小时，且超标倍数小于0.1倍、日污水排放量小于0.1吨的”;又如“不规范贮存危险废物时间不超过24小时、数量小于0.01吨，且未污染外环境的”)且当日完成整改的;
(3)其他违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的。
保护生态环境是全民应尽义务，因为生态资源遭受到破坏以后会损害到每一位公民的合法权益，比如本人的身体健康可能都会受到影响。所以对环境污染行为，就要根据污染情况适当进行处罚，但是执法人员的自由裁量权也应当受到法律约束。
延伸阅读：
环境污染侵权纠纷怎么解决
企业环境污染赔偿标准
什么是环境污染责任
