1、立案：对初步审查符合立案条件的违法行为立案。
2、调查取证。
根据《行政处罚法》第三十七条，行政机关在调查或者进行检查时，执法人员不得少于两人，并应当向当事人或者有关人员出示证件。
3、调查报告。
4、审查、决定：法制机构依法审查、核实并提出处理建议报本部门负责人决定。
5、事先告知。
根据《行政处罚法》第三十一条，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
根据《行政处罚法》第三十九条，行政机关依照本法第三十八条的规定给予行政处罚，应当制作行政处罚决定书。
7、执行。
根据《行政处罚法》第四十四条，行政处罚决定依法作出后，当事人应当在行政处罚决定的期限内，予以履行。
第六十七条 【结案】有下列情形之一的，应当结案：
(五)环境保护主管部门认为可以结案的其他情形。
第二十二条 【立案条件】环境保护主管部门对涉嫌违反环境保护法律、法规和规章的违法行为，应当进行初步审查，并在7个工作日内决定是否立案。
经审查，符合下列四项条件的，予以立案：
(一)有涉嫌违反环境保护法律、法规和规章的行为;
(三)属于本机关管辖;
(四)违法行为发生之日起到被发现之日止未超过2年，法律另有规定的除外。违法行为处于连续或继续状态的，从行为终了之日起计算。
环境执法部门就是县级以上环境保护行政主管部门或受委托的环境监察机构，在环保部门还没有调查清楚的情况下，不可能直接对当事人进行行政处罚，因为环保部门也要对行政处罚决定承担法律责任的。
延伸阅读：
污染环境罪 单位犯罪的处罚是怎么样的？
环境污染事故处理的基本原则是什么？
单位污染环境罪怎么处罚？
