1、立案。对违反环保法律、法规的案件，经初步审查认为应当追究环境行政责任的，十日内予以立案。
2、调查。经批准立案的案件在调查时执法人员不得少于两人，并应向当事人出示执法证件，实事求是的填写《环保执法案件询问笔录》、《现场勘验笔录》并按要求写出调查报告。
3、审查。法制部门接到调查报告及有关证据材料后，对违法行为人违法事实，处罚的法律依据，处罚的幅度等方面进行认真审查，并提出处理意见。
4、告知。在做出处罚决定之前，要告知当事人，对给予其行政处罚的违法事实、理由及法律依据，告知当事人。对于给予停业、关闭、吊销排污许可证的处罚要告知当事人举行听证时间。
5、听证。听证有法制部门主持，提出当事人违法事实、证据和处理建设，当事人可以进行申辩和质证。
6、下达行政处罚决定。经审查，认为违法事实清楚，法律依据充分的违法案件，提出处理意见经局长签发处罚决定。
7、送达。处罚决定书由调查部门负责送达，送达回执交法制部门备案。
9、结案。处罚案件执行完毕，由法制部门写出报告卷归档。
《环境行政处罚办法》第五十四条 行政处罚决定书应当载明以下内容：
(一)当事人的基本情况，包括当事人姓名或者名称、组织机构代码、营业执照号码、地址等;
(二)违反法律、法规或者规章的事实和证据;
(五)不服行政处罚决定，申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限;
(六)作出行政处罚决定的环境保护主管部门名称和作出决定的日期，并且加盖作出行政处罚决定环境保护主管部门的印章。
环境保护主管部门若是立案处理环境行政处罚案件，立案后需要按照既定的流程、在限定期限内作出处罚决定。环境的行政相对人，若是发现环境行政机关的职员存在程序违法的现象，可以向相关部门举报。
