(一)简易程序
3、当场作出行政处罚决定按《环境保护行政处罚办法》规定的程序进行;
4、执法人员当场作出的行政处罚决定，必须在决定之日起3日内报政策法制股备案。
(二)一般程序
1、立案
环境管理股、监察大队、自然生态保护股、审批股等(以下简称职能部门)发现违法案件，应当场取证，在2日内填写立案呈批表，交法制股。
法制股在2日内初审并提出意见，报分管局长、局长。
分管局长、局长在3日内批准是否立案。
2、调查取证
职能部门派出调查人员(不少于2人)进行调查取证，应主动出示执法证件。
调查要制作笔录，询问应个别进行。
需要监测的，要制作监测结果报告，并由监测单位盖章和监测人员签名。
3、审议
经调查后确定不需作出行政处罚的案件，职能部门要填写《撤消立案审批表》交法制股，经分管局长签署意见后归档。
对需要作出行政处罚的案件，职能部门提出初步处罚意见，法制股对案件违法事实和适用法律进行审查，提出处理意见，报局长审批。
作出责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚决定的，由局领导班子讨论决定。
4、听取申辩与听证。在《行政处罚决定书》下达3日前，职能部门的调查人员制作《行政处罚事先告知书》告知当事人违法事实、处罚依据、拟作出的处罚，以及当事人享有的陈述、申辩权利，制作“申辩笔录”。
对责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚的，告知当事人有权要求听证，其申请须在被告知3日内提出。
听证按《行政处罚法》和《环境保护行政处罚办法》规定的程序进行。
听证主持人由法制股非本案调查人员担任，职能部门的调查人员参加。
5、签发
法制股根据审议、申辩与听证结果，责成监察大队制作《行政处罚决定书》，由局长签发。
6、送达
《行政处罚决定书》在作出决定之日起7日内，由监察大队送达当事人或其委托代理人。
送达具体方式有直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、公告送达。
受送达人拒收处罚决定书的，送达人应当记明拒收的事由和日期，将处罚决定书留置受送达人住所或收发部门，即视为送达。
7、执行
当事人逾期不申请复议，不提起诉讼，又不执行的，由职能部门告知法制股，经局长同意后由监察大队负责承办申请法院强制执行的具体事宜。
8、归档
案件终结，由执行处罚的监察大队及时写出结案报告。
案件办结后，办案人员应交协案过程中形成的材料立卷归档。
立卷归档的总原则是“谁办案、谁立卷”“一案一卷”。案件承办人员应当将办案过程中所形成的材料，按照材料齐全、排列有序、装订整齐、便于查阅的原则立卷归档。
案件归档后，任何单位和个人均不得私自增添或抽取案卷材料。
《环境保护行政处罚办法》第五十八条【简易程序的适用】违法事实确凿、情节轻微并有法定依据，对公民处以50元以下、对法人或者其他组织处以1000元以下罚款或者警告的行政处罚，可以适用本章简易程序，当场作出行政处罚决定。
2、适用简易程序后处理环境处罚案件需要遵守的程序
第五十九条【简易程序规定】当场作出行政处罚决定时，环境执法人员不得少于两人，并应遵守下列简易程序：
(1)执法人员应向当事人出示中国环境监察证或者其他行政执法证件;
(2)现场查清当事人的违法事实，并依法取证;
(3)向当事人说明违法的事实、行政处罚的理由和依据、拟给予的行政处罚，告知陈述、申辩权利;
(4)听取当事人的陈述和申辩;
(5)填写预定格式、编有号码、盖有环境保护主管部门印章的行政处罚决定书，由执法人员签名或者盖章，并将行政处罚决定书当场交付当事人;
(6)告知当事人如对当场作出的行政处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
以上过程应当制作笔录。
执法人员当场作出的行政处罚决定，应当在决定之日起3个工作日内报所属环境保护主管部门备案。
若是环境保护主管部门适用简易程序来处理环境处罚案件，那么执法人员可以当场作出处罚的决定。如果是适用一般程序来处理案件，环境行政的相对人可能并不会受到行政处罚，这是由于立案审查后，可能会出现行政相对人虽然违法但依法不需要被处罚的情形。
