1、高位法优先适用规则。环保法律(法规)的效力高于同行政级别的行政法规、地方性法规、规章，省级政府制定的环保规章的效力高于本行政区域内的较大的市政府制定的规章。
2、特别法优先适用规则。同一机关制定的法律法规，如特别规定与一般规定不一致，适用特别规定。
3、新法优先适用规则。同一机关制定的法律法规，如新规与旧规不一致，适用新的规定。
4、地方法规优先适用情形。环保地方性法规或者地方政府规章，如与环保部门规章对同一事项规定不一致，应当优先适用环保地方性法规或者地方政府规章。
5、部门规章优先适用情形。环保部门规章如与环保地方性法规或者地方政府规章对同一事项规定不一致，应当优先适用环保部门规章。
6、部门规章冲突情形下的适用规则。环保部门规章与国务院其他部门制定的规章，如对同一事项的规定不一致，应当优先适用根据专属职权制定的规章;两个以上部门联合制定的规章，优先于一个部门单独制定的规章;不能确定如何适用的，应当按程序报请国务院裁决。
在环保部门执法过程中，对具体环境违法行为决定是否给予行政处罚、确定处罚种类、裁定处罚幅度等行为，《意见》要求各执法部门严格遵守以下原则：
1、过罚相当。遵循公正原则，必须以事实为依据，与环境违法行为的性质、情节以及社会危害程度相当。
2、严格程序。遵循法定程序，充分保障当事人的陈述权、申辩权和救济权。对符合法定听证条件的环境违法案件，应当依法组织听证，充分听取当事人意见，并集体讨论决定。
3、重在纠正。处罚不是目的，要特别注重及时制止和纠正环境违法行为。环保部门必须首先责令违法行为人立即改正或者限期改正。责令限期改正的，应当明确提出要求改正违法行为的具体内容和合理期限。对责令限期改正、限期治理、限产限排、停产整治、停产整顿、停业关闭的，要切实加强后督察，确保各项整改措施执行到位。
4、综合考虑。既不得考虑不相关因素，也不得排除相关因素，要综合、全面地考虑以下情节：
(1)环境违法行为的具体方法或者手段;
(2)环境违法行为危害的具体对象;
(3)环境违法行为造成的环境污染、生态破坏程度以及社会影响;
(4)改正环境违法行为的态度和所采取的改正措施及其效果;
(5)环境违法行为人是初犯还是再犯;
(6)环境违法行为人的主观过错程度。
5、量罚一致。 应当针对常见行为，确定一批尺度把握适当的典型案例，作为行政处罚案件的参照标准，使同一地区、情节相当的同类案件，行政处罚的种类和幅度基本一致。
6、罚教结合。坚持处罚与教育相结合，教育公民、法人或者其他组织自觉遵守环保法律法规。
环境行政处罚的标准为必须要以实际发生情况作为对于行为人违法环境保护法规的相关依据，并且在进行处罚时，需要有相关的证据和证明。同时在进行处罚时需要根据法定的程序进行，准备行为人的陈诉案件事实和原由的相关权利。同时给予行为人教育和处罚。
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