环境行政处罚案件性质是一般是属于行政违法行为，根据《环境行政处罚办法》第十条【处罚种类】根据法律、行政法规和部门规章，环境行政处罚的种类有：
(一)警告;
(二)罚款;
(三)责令停产整顿;
(四)责令停产、停业、关闭;
(五)暂扣、吊销许可证或者其他具有许可性质的证件;
(六)没收违法所得、没收非法财物;
(七)行政拘留;
1.处罚法定原则
2.过罚相当原则
过罚相当原则要求环境相对人实施了违反行政法规范的行为，就应受到环境行政处罚，而不能逃避行政处罚;所受处罚的轻重应与其违法行为的情节、性质、事实以及社会危害程度相一致，不能避重就轻。它也要求环境行政主体只有在相对人实施了违反行政法规范的行为时，才能给予处罚，否则就不能给予处罚;所给予的处罚应与相对人违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相一致，而不能畸重畸轻。
3.责任自负原则
责任自负原则要求违法环境行政相对人亲自承担实施环境违法行为的行政法律责任，而不能由他人代为承担。它要求环境行政主体只能追究违法环境行政相对人的行政法律责任，而不罚及他人。
4.一事不再罚原则
它是指环境行政主体对环境违法行为人的同一个环境违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
5.法律救济原则
法律救济原则是指环境行政主体在对环境行政相对人实施行政处罚时，必须保证环境行政相对人有获得救济的权利，否则不得实施环境行政处罚。法律救济原则是保障环境行政处罚公正进行的有效手段。根据《行政处罚法》的规定，环境行政相对人对于环境行政主体给予的行政处罚，依法享有陈述权、申辩权，对行政处罚不服的，有权依法申请环境行政复议或提起环境行政诉讼。公民、法人或其他组织因环境行政主体违法给予环境行政处罚受到损害的，有权依法提出赔偿要求。
6.教育和惩罚相结合的原则
环境行政主体在实施行政处罚时，不应以追究环境行政责任为惟一目的，而应坚持教育与处罚相结合，纠正违法行为，教育公民、法人或者其他组织自觉守法。
环境行政处罚案件需要由行政管理部门来进行办理的，具体情况下可以根据实际的行政处罚事项来进行合法的认定处理，如造成严重危害的，还需要追究刑事责任，这是需要移交到公安机关进行调查取证并追究刑事处罚。
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