环境保护法第四十二条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为三年。”可见，环境污染损害赔偿诉讼的时效为三年。诉讼时效“从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算”的规定于受害人不利。如前文所述，环境污染损害有间接性、潜 伏性、长期性、遗传性等的特点，直接的和必然的因果关系链在环境污染损害赔偿诉讼中是无法找到的，受害人往往“难以知道”或根本就“不知道”受到的是什么损害。在现代工业化如此发达的社会，受害者在知识方面往往是处于弱势地位，“应当知道”对他们来说大会过于苛刻了。在现时诉讼中，三年诉讼时效的规定是远远不能够保护受害当事人的。三年，往往在人们还不知就里时就早已过去了。诉讼时效是权利人怠于行使权利的持续状态超过法定期间便丧失司法救济权的法律制度，其用意是督促受害人积极行使自己的权利。但是，环境污染损害赔偿诉讼三年的诉讼时效，因损害客观上的特点，决定了受害人主观上再积极也无法有效地保护自己。因此受害人要积极行事。环境污染适用特别法规定三年的诉讼时效，因此要求权利人在知道或应当知道自己权利受损起就及时收集证据，提起诉讼，否则很容易错过三年的诉讼时效。
二、环境污染赔偿责任与一般的民事赔偿责任的区别
在一般侵权损害赔偿的诉讼中，原告被害人应当对要件事实(加害行为、损害结果、侵权行为与损害结果之间的因果关系、加害人过错)承担证实的举证责任。特殊侵权行为则反之。一般说来，被告对其免责事由的证明，不属于举证责任倒置，应属于举证责任的一般分配。比如，《关于民事诉讼证据的若干规定》第4条规定的关于环境污染和产品责任中的免责事由的举证、高度危险作业中受害人故意的举证、饲养动物致人损害中的过错举证，均属于被告对己有利事实所负担的举证责任，并非举证责任倒置。在无过错责任原则之下，虽不以加害人过错为侵权责任的构成要件，但加害人可以证明受害人或第三人存在过错来免责，在此情况中加害人对利己事实负担举证责任，并未减轻受害人的举证责任，因此不构成举证责任倒置。
三、环境污染的刑事责任
污染环境罪是最高人民法院、最高人民检察院对《中华人民共和国刑法修正案(八)》(以下简称《修正案八》)罪名做出补充规定，取消原"重大环境污染事故罪"罪名，改为"污染环境罪"。从2011年5月1日起施行。该罪具体的内容包括“违反国家规定，排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质，严重污染环境的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”
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