一、内部职工劳务作业队劳务承包纠纷发生的原因主要是劳动关系和工伤事故。
从目前来看，职工劳务作业队所配属的都是农民工，往往都不签订劳动合同。
所有用工都必须签订劳动合同。根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》(劳社部发〔2005〕12号)第1条规定：“用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立;用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格;用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动;劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分”。由此可见，劳动和社会保障部已经明确规定农民工与施工企业建立的是一种劳动关系。
不签订劳动合同将带来严重的法律后果。由于职工劳务作业队招用农民工的行为应视为其代表施工企业的行为，被招用的农民工应视为施工企业的职工，并与施工企业之间存在劳动关系，如果不签订劳动合同，根据《劳动合同法》第82条规定：“用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资”;第14条第3项第2款规定：“用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同”。
“包工头”的劳务分包纠纷发生的原因主要是劳动报酬和劳动关系。施工企业将工程部分项目发包给“包工头”，劳务作业完成后结算也与“包工头”结算，而且农民工工资一般由“包工头”发放。一旦结算完毕，“包工头”人走了而农民工工资没有支付，农民工就会向施工企业追讨而发生纠纷。
发包方承担用工主体责任。根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》(劳社部发〔2005〕12号)第4条规定：“建筑施工、矿山企业等用人单位将工程(业务)或经营权发包给不具备用工主体资格的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任”。
承担清偿拖欠工资连带责任。根据《建设领域农民工工资支付管理暂行办法》(劳社部发[2004]22号)第七条规定：“企业应将工资直接发放给农民工本人”;第12条规定：“工程总承包企业不得将工程违反规定发包、分包给不具备用工主体资格的组织或个人，否则应承担清偿拖欠工资连带责任”。根据劳动和社会保障部及建设部之规定，“包工头”由于不具备用工主体资格，因劳动关系用工产生的责任，由用人单位承担;当农民工的劳动报酬被拖欠，也由企业承担连带赔偿责任。
未签订劳务分包合同或虽然签订劳务分包合同但约定不明确。从严格意义来讲，成建制的劳务分包是两个独立法人发生的经济契约关系，通过合同来确定双方的权利和义务。因此，一旦发生工期、质量问题，由于未签订劳务分包合同或虽然签订劳务分包合同但合同约定不明确，施工企业就很难维护自己的权益。
“包工头”挂靠成建制企业引起的纠纷。由于项目部在劳务分包过程中，没有认真审查对方当事人授权权限、授权资格及授权人的身份，虽然与成建制企业签订劳务分包合同，实质是与“包工头”发生经济关系，造成与第三方发生纠纷。如果项目部没严格审查或疏忽审查或明知劳务分包企业无相应的资质或超过其相应资质应当承担的劳务作业的工程量而签订劳务分包合同，都将被判定为无效的劳务分包合同。如果由于劳务分包企业的资质原因，造成完成的工程量不合格的，项目部所在的施工企业将独立的向工程发包人承担责任。如果在项目部和劳务分包企业签订劳务分包合同时，对资质问题或超资质范围问题都是明知的，那么根据《合同法》58条规定：“双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”，项目部所在的施工企业和劳务分包企业都要承担损失。
