工程结算纠纷自对方应付工程款之日起两年内不主张，即超过诉讼时效，但是在此期间只要持续主张，就可以中断诉讼时效。同时此纠纷也适用关于诉讼时效中断、中止的规定。
《民法通则》第一百三十七条规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”结算请求权的诉讼时效应自该权利被侵害时起算，具体表现为发包人怠于履行结算义务的违约行为成立之时，因此，确认结算请求权之诉讼时效期间的起算点，应考察双方当事人关于结算义务履行期限之具体约定。当事人约定自工程竣工验收合格之日起结算工程价款的，工程竣工验收之后，发包人怠于履行该结算义务时，承包人可向法院起诉请求履行，其诉讼请求的时效期间起算点为工程竣工验收合格之日。
当事人约定工程竣工验收合格后，由承包人向发包人提交结算文件，发包人在接到结算文件的合约定期限内予以审核并作出答复的，发包人应当在该期限内确确表示同意或不同意该结算结果，表示不同意的，应及时配合承包人重新结算。发包人未在约定期限内答复，则答复期限届满可认定其怠于履行结算义务，诉讼时效自答复期限届满之日起算;发包人在仅约定期限内答复不同意结算结果的，但怠于与承包人进行协商，重新进行结算的，视为其怠于履行配合结算义务，承包人请求结算的诉讼时效自答复期限届满之日起算。
对于合同被解除的情形，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条规定：建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款。建设工程施工合同被解除后，承包人依据该司法解释，即可向发包人请求结算已完工程的相应工程款，并依照结算结果支付工程款，因此，承包人请求发包人结算工程款的请求之诉讼时效期间自合同被解除之日起算。
建筑施工企业应根据上述的意见，及时向建设单位主张工程价款结算。在实际操作过程中，一定要注意保留主张结算的材料，否则在诉讼中，如果对方不承认施工企业曾主张结算，则施工企业将处于不利地位。
