1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章
法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：“订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。”由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。
1、《建设工程施工合同备案表》(收取原件4份，此表要到政务中心窗口领)。
2、全部《建设工程施工合同》;
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本)， 招标文件和招标控制价及电子数据，(收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份)。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据(收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份)。
5、经发、承包双方确认的工程预算书(收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函;(查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份)。
7、法定代表人授权委托书(收取原件1份)。
8 、《办理建管手续联系单》(查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份)。
9、中标通知书(收取加盖申请单位公章的复印件1份)
注：
1、招标工程不提供第5项资料
2、依法不进行招标的工程不提交3、4、9项资料;
3、不试行担保的工程不提交第6项资料;
4、法定代表人签订合同工程不提交第7项资料。
5、这里电子数据是需要刻光盘上交的。
综合上面所说的，施工合同只要中标那么双方就可以办理备案手续，在处理时就需要结合法律所规定的流程来进行办理，一般工程所在地在什么地方，那么就需要选择工程所在地的建设行政管理部门进行处理，这样才能保障到各自的合法权益。
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