当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因为合同备案后具有法律效应，所以备案合同与施工合同内容不一致，需要以备案合同为准来进行结算。
(一)、依据《招投标法》
第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。
(二)、必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。
《招投标法》第五条“招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。
(三)、必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。
合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。因为中标无效，前合同无效。因为工程项目为必须招投标的项目，后合同没有招投标也无效。
(四)、必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实前合同因没有办理招投标无效，但是，前合同是当事人真实的意思表示，是实际履行的合同。后合同因招标人与投标人串标中标无效，导致备案合同无效。并且，后合同仅仅是为了通过备案，不是真实的意思表示，也不是为了实际履行。
(五)、建设工程施工项目不是必须进行招投标的项目，招标人按《招投标法》规定的程序进行了招投标，又出现中标无效情形的，签订的合同即使进行了备案，也因违反《招投标法》的强制规定而导致合同无效，建设工程纠纷应当按照无效合同进行处理。
承发包双方在上述备案合同之外又签定与备案合同不一致的合同或补充协议的，该合同或补充协议是双方真实意思表示，应为有效合同，双方应以后合同或补充协议作为结算工程价款的依据。
(六)、不是必须进行招投标的工程项目，双方没有进行招投标程序，不适用“司法解释”第21条的规定。承发包双方先后签订了两份以上的施工合同，后合同视为对前合同的变更，内容不一致的，应当以后合同为准结算工程款。
(七)、招标人和投标人依法进行了招投标，在中标后双方未签订书面合同，应以招投标文件作为结算工程价款的依据
施工合同在施工前是需要备案的，如果当事人就同一建设工程，另外订立施工合同，与其当时备案的合同内容不一致，应当以备案的合同作为结算工程价款的根据。如果该项目属于必招投标的工程项目，应当强制适用该规定，以备案合同为准。
延伸阅读：
施工合同保证金是指什么?有什么作用?
建设部建设工程施工合同管理办法有哪些
建设工程施工合同纠纷司法解释
