备案合同与施工合同并没有什么差别，在一般的情况，两个合同的内容是一致的，如果不一致就是阴阳合同，会导致在工程款的结算上出现较大的争执，一般是以备案合同为准;如果是合同两方有意调整，在不违背原则的基础上，两方另签订合同谈判明确。
相关规定：招标法第46条限定“招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”，因此如果合同的商定实质性的改变了招标文件限定的条款，此商定为无效商定。非实质性的改变的条款以签订合同是准。
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
招标投标法第3条规定：“在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：
(一)大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目;
(二)全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目;
(三)使用国际组织或者外国政府贷款、援助资金的项目”。
该规定的工程主要涉及公共工程，由于此类工程涉及国家公共利益，当事人订立“阴阳合同”极易扰乱社会经济秩序和损害社会公共利益，因此应认定实际施工的“阴合同”属于违反法律规定的。
存在两份合同的情况下，如果是一致的那么就没有什么区别;如果备案合同与施工合不一致的话，那么就是阴阳合同的，这样有可能会出现施工合同最后的结算款与备案合同的金额不一样，遇到这种情况如果无法协商解决，建议诉讼途径维护自己的权益。
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